হলে [[ইয়োহান ক্রুইফ]] [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনা]] ছেড়ে দেন।
১৯৯৬–৯৭ মৌসুমে [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনার]] কোচের দায়িত্ব নেন ববি রবসন। ঐ মৌসুমে [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনা]] কোপা দেল রে, স্প্যানীশ সুপার কোপা এবং কাপ উইনার্স কাপ জেতে। [[১৯৯৭–৯৮ মৌসুমে গার্দিওলার জন্য রোমা এবং প্রামার দুইটি অফার বাতিল করে দেয় [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনা]]। গার্দিওলা [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|কাতালান ক্লাবটির]] সাথে [[২০০১]] সাল পর্যন্ত নতুন করে চুক্তিবদ্ধ হন। ইনজুরির কারনে [[১৯৯৭]]–[[১৯৯৮|৯৮]] মৌসুমের অধিকাংশ সময়ই গার্দিওলাকে মাঠের বাহিরে থাকতে হয়। মৌসুমে বার্সেলোনার কোচ ছিলেন লুইস ফন গাল এবং ঐ মৌসুমে [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনা]] লা লিগা ও কোপা দেল রে শিরোপা জেতে। পরের মৌসুমে ইনজুরি সারিয়ে তিনি আবারও মাঠে ফেরেন। মৌসুমে [[রিভালদো]] এবং লুইস ভিগোর অবদানে [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনা]] লা লিগা শিরোপা জেতে। [[১৯৯৮]] সালের ৮ জুন, গার্দিওলার পায়ে অস্ত্রোপচার করা হয়, ফলে [[১৯৯৮]] ফিফা বিশ্বকাপে তার অংশগ্রহণ অনিশ্চিত হয়ে পড়ে। গোড়ালির ইনজুরির কারনে [[২০০০]]–২০০০–[[২০০১|০১]] মৌসুমে আবারও গার্দিওলার অস্ত্রোপচার করা হয়, ফলে মৌসুমের শেষ তিন মাস তাকে মাঠের বাহিরে কাটাতে হয়। ঐ মৌসুমে [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনার]] সবকয়টি শিরোপাই হাতছাড়া হয়ে যায়। লা লিগায় তারা চতুর্থ হলেও চ্যাম্পিয়ন্স লীগের বাছাইপর্ব টপকাতে সমর্থ হয়।
[[২০০১]] সালের ১১ এপ্রিল, [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনা]] দলপতি তার দল ছাড়ার অভিপ্রায় ব্যক্ত করেন। তিনি বিবৃত করেন যে এটি একটি ব্যক্তিগত সিদ্ধান্ত। [[২০০১]] সালের ২৪ জুন, সেল্টা ভিগোর বিপক্ষে [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনার]] হয়ে গার্দিওলা তার শেষ খেলায় মাঠে নামেন।<ref>{{PDF|url=http://hemeroteca-paginas.mundodeportivo.com./EMD03/PUB/2001/06/22/EMD20010622002MDP.pdf| title=Condenados a sufrir|publisher=Mundo Deportivo|language=Spanish|date=২২ জুন ২০০১|accessdate=৭ জানুয়ারি ২০১৩}}</ref> বার্সেলোনার মূল দলের হয়ে ১২ মৌসুমে গার্দিওলা ৪৭৯টি খেলায় মাঠে নেমেছেন এবং ১৬টি শিরোপা জিতেছেন। সেল্টা ভিগোর বিপক্ষে খেলার পর সংবাদ সম্মেলনে তিনি বলেন, ‘‘এটি ছিল একটি দীর্ঘ যাত্রা। আমি খুশি, গর্বিত, মানুষ আমার সাথে যেরূপ আচরন করেছে এবং আমি অনেক বন্ধু বানিয়েছি। আমি আর বেশি কিছু চাইতে পারি না। আমি অনেক বছর সেরাদের মধ্যে কাটিয়েছি। আমি ইতিহাস গড়তে আসিনি কিন্তু নিজের ইতিহাস গড়তে এসেছি।’’ [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনার]] বর্তমান মাঝমাঠের খেলোয়াড়দের কেউ কেউ তাকে নিজেদের আদর্শ বলে দাবী করেন। এর মধ্যে [[জাভি হার্নান্দেজ]], [[সেস্ ফ্যাব্রিগাস]] এবং [[আন্দ্রেস ইনিয়েস্তা]] উল্লেখযোগ্য।<ref>{{সংবাদ উদ্ধৃতি|ইউআরএল=http://www.sport.co.uk/news/Football/17890/Fabregas_I_am_like_Xavi_and_Guardiola_is_my_hero.aspx|শিরোনাম=Fabregas: I am like Xavi and Guardiola is my hero|প্রকাশক=Sport.co.uk|তারিখ=১৫ এপ্রিল ২০০৯|সংগ্রহের-তারিখ=৭ জানুয়ারি ২০১৩}}</ref>
