বুদ্ধিজীবিবুদ্ধিজীবী মহল থেকে এই মহাবিদ্যালয়গুলিকে প্রভূত সমালোচনার মুখোমুখি হতে হয়েছে। এমনকি প্রাক্তন ছাত্ররাও মহাবিদ্যালয়ের কিছু পদক্ষেপের নিন্দা করেছেন। এই সমালোচনার মূল কারণ হল বিভিন্ন প্রশিক্ষণ কেন্দ্রের প্রভাব এবং ছাত্রদের বিদেশ যাওয়ার মানসিকতা।<ref>{{সংবাদ উদ্ধৃতি | ইউআরএল=http://www.indiaeducationreview.com/news/iit-iim-faculty-not-world-class-jairam-ramesh | শিরোনাম=সংরক্ষণাগারভুক্ত অনুলিপি | সংগ্রহের-তারিখ=২৮ নভেম্বর ২০১৪ | আর্কাইভের-ইউআরএল=https://web.archive.org/web/20150614002903/http://www.indiaeducationreview.com/news/iit-iim-faculty-not-world-class-jairam-ramesh | আর্কাইভের-তারিখ=১৪ জুন ২০১৫ | অকার্যকর-ইউআরএল=হ্যাঁ }}</ref><ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি |শিরোনাম=সংরক্ষণাগারভুক্ত অনুলিপি |ইউআরএল=http://in.news.yahoo.com/ails-iits-030510340.html |সংগ্রহের-তারিখ=২৮ নভেম্বর ২০১৪ |আর্কাইভের-ইউআরএল=https://web.archive.org/web/20140531175630/https://in.news.yahoo.com/ails-iits-030510340.html |আর্কাইভের-তারিখ=৩১ মে ২০১৪ |অকার্যকর-ইউআরএল=হ্যাঁ }}</ref>
প্রশিক্ষণ কেন্দ্রগুলিতে টাকার বিনিময়ে মহাবিদ্যালয়ের প্রবেশিকা পরীক্ষার জন্য প্রশিক্ষণ দেওয়া হয়। এর ফলে যারা আর্থিক কারণে এই প্রশিক্ষণ নিতে পারে না তারা প্রবেশিকা পরীক্ষায় এক ধাপ পিছিয়ে পড়ে যা একটি পরীক্ষায় কাম্য নয়। এছাড়া এই ভাবে আসলে শিক্ষার নামে প্রহসন হয় কারণ ছাত্রদের সার্বিক শিক্ষা অসম্পূর্ণ থেকে যায়। <ref>{{সংবাদ উদ্ধৃতি| ইউআরএল=http://timesofindia.indiatimes.com/india/Poor-quality-of-students-entering-IITs-Narayana-Murthy/articleshow/10217469.cms | কর্ম=The Times of India | শিরোনাম=Poor quality of students entering IITs: Narayana Murthy - The Times of India}}</ref>
পরীক্ষায় প্রশ্নগুলি সাধারণত সঠিক উত্তর বেছে নেওয়া ধরনের হয় যার ফলে ছাত্রদের সম্পূর্ণ মূল্যায়ন হয় না।
