এ পর্বে [[লারা ক্রফ্ট|লারা ক্রফ্টকে]] গোয়েন্দা সংস্থা [[এমআইসিক্স]] [[প্যান্ডোরার বাক্স]] খুঁজে বের করার দায়িত্ব দেয়। প্যান্ডোরার বাক্স হচ্ছে একটি গ্রিক পুরাণে উল্লেখিত একটি বাক্স যেটাতে মৃত্যুঘাতী প্লেগের জীবাণু সংরক্ষিত আছে। এবং কোনো কারণে তা খুললে পৃথিবীব্যপী এই মারণঘাতি প্লেগ ছড়িয়ে পড়বে। এদিকে [[নোবেল পুরস্কার]] বিজয়ী বিজ্ঞানী ও পরবর্তীকালে বায়োসন্ত্রাসী জোনাথন রাইসও সেই প্যান্ডোরার বাক্স খুঁজে বের করার জন্য অভিযান শুরু করে, এবং অভিযানের এক পর্যায়ে সে ক্রফ্টের পিছু নেয়। এই বাক্সটির চাবি, যা কিনা একটি বল, এবং চলচ্চিত্রে এটি ক্রেডেল অফ লাইফ নামে পরিচিত গ্রিক বীর [[আলেকজান্ডার]] সমুদ্রের গভীরে একটি মন্দিরে লুকিয়ে রেখেছিলেন। লারা ও তাঁরতার দল সেটি উদ্ধার করে। কিন্তু পরবর্তীতে বিভিন্ন ঘটনায় সেটি লার হাতছাড়া হয়ে যায় ও রাইস সেটা দখলে নেয়, ও ইলকট্রনিক ইমেজ কম্পাইল করে চাবি স্বরূপ কাঙ্ক্ষিত শব্দটি ক্রেডেল অফ লাইফ থেকে উদ্ধারের সময় লারার বাধায় তা শেষ করতে পারে না, এবং পরবর্তীতে লারাই শব্দটি বের করে। এদিকে এসবের আগে ক্রেডেল অফ লাইফটি উদ্ধারের সময় লারার সাথে শত্রুতা তৈরি হয়, বলটি প্রথম বারের মতো ছিনিয়ে নেওয়া চাই শেং-এর সাথে। চাই শেং-এর আস্তানা [[চীন|চীনের]] এক প্রত্বন্ত অঞ্চলে। আর সেখান থেকে ক্রেডেল অফ লাইফ উদ্ধারের জন্য ও পুরো অভিযানে লারাকে সাহায্য করার জন্য সে সঙ্গে নেয় তাঁরতার পূর্বের সহযোগী, এবং সে সময় অপরাধের জন্য জেলে থাকা [[রয়াল মেরিন|রয়াল মেরিনে]] সৈনিক টেরি শেরিড্যানকে। টেরি শেরিড্যান সে সময় [[কাজাকিস্তান|কাজাকিস্তানের]] একটি জেলখানায় বন্দী ছিলো। পরবর্তীতে টেরির সাহায্যে লারা ক্রেডেল অফ লাইফ নাম্নী অর্ব বা বলটি নিজের করায়ত্ব করে।
পরবর্তীতে অর্ব থেকে উদ্ধারকৃত ম্যাপ অনুসারে জোলি প্যান্ডোরার বাক্স উদ্ধারের জন্য [[আফ্রিকা|আফ্রিকার]] উদ্দেশ্যে যাত্রা করে, এবং জোলির দুই সহযোগী হিলারি ও ব্রাইসকে জিম্মি করে লারার সাথে সাথে রাইস ও তাঁরতার সহযোগীরাও কাঙ্ক্ষিত স্থানে পৌঁছে যায়, কিন্তু শেষ পর্যন্ত নানা প্রতিকূলতা পার করে কাঙ্ক্ষিত প্যান্ডোরার বক্স দেখতে পায় মাত্র দুজন—লারা ও রাইস, এবং শেষ পর্যন্ত জয় হয় লারারই। সে প্যান্ডোরার বাক্স নিরাপদে উদ্ধার করে এবং মানবজাতির নিরাপত্তার স্বার্থে সে সেটিকে সেখানেই ধ্বংস করে ফেলে, যদিও বাক্সটি খুলে দেখার ইচ্ছা চরম কৌতূহলী লারার হয়েছিলো, এমনকী সে একটু খুলেওছিলো, কিন্তু শেষ পর্যন্ত সে তাঁরতার কৌতূহল দমন করে ও বাক্সটিকে ধ্বংস করে। টেরি শেরিড্যান বাক্সটিকে নিজের কাছে রাখতে চেয়েছিলো, কিন্তু কোনোভাবেই টেরিকে নিরস্ত করতে না পেরে লারা টেরিকে শেষ পর্যন্ত হত্যা করতে বাধ্য হয়। এখানে উল্লেখ্য টেরি নিজেই আত্মহত্যা করতে যাচ্ছিলো, এবং টেরিকে সে সুযোগ না দিয়ে লারাই টেরিকে হত্যা করে।
