পাবকেম
পাবকেম একটি ডাটাবেস যা রাসায়নিক অণু এবং তাদের জৈব-পরীক্ষা সংক্রান্ত কার্যকারিতার তথ্য সংরক্ষণ করে। এই সিস্টেমটি পরিচালনা করে ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজি ইনফরমেশন (এনসিবিআই), যা ন্যাশনাল লাইব্রেরি অফ মেডিসিন-এর একটি শাখা এবং যুক্তরাষ্ট্রের ন্যাশনাল ইনস্টিটিউটস অফ হেলথ (এনআইএইচ)-এর অন্তর্ভুক্ত। পাবকেম বিনামূল্যে ওয়েব ইন্টারফেস-এর মাধ্যমে ব্যবহার করা যায়। লক্ষাধিক যৌগের গঠন ও বর্ণনামূলক ডেটাসেট এফটিপি-র মাধ্যমে বিনামূল্যে ডাউনলোড করা যায়। এখানে ১০০টির কম পরমাণু এবং ১,০০০টির কম বন্ধনবিশিষ্ট অসংখ্য ছোট অণুর বিবরণ রয়েছে। বর্তমানে ৮০টির বেশি ডাটাবেস সরবরাহকারী প্রতিষ্ঠান পাবকেমে তথ্য সরবরাহ করে।[২]
 | |
|---|---|
| Content | |
| বিবরণ | রাসায়নিক উপাদান ও তাদের জৈব-পরীক্ষা |
| Organisms | মানুষ ও অন্যান্য প্রাণী |
| যোগাযোগ | |
| গবেষণা কেন্দ্র | এনসিবিআই |
| Primary citation | PMID 15879180 |
| Access | |
| ওয়েবসাইট | pubchem |
| Download URL | এফটিপি |
| Web service URL | পিইউজি-ভিউ[১] |
| Miscellaneous | |
| License | পাবলিক ডোমেইন |
ইতিহাস
সম্পাদনাপাবকেম ২০০৪ সালে এনআইএইচ-এর মলিকুলার লাইব্রেরিজ প্রোগ্রামের (এমএলপি) অংশ হিসেবে চালু হয়। নভেম্বর ২০১৫ পর্যন্ত, এতে ১৫ কোটির বেশি ডিপোজিটকৃত পদার্থের বিবরণ, ৬ কোটির বেশি স্বতন্ত্র রাসায়নিক গঠন এবং ২২.৫ কোটির বেশি জৈব-কার্যকারিতা সংক্রান্ত পরীক্ষার ফলাফল অন্তর্ভুক্ত ছিল। এই তথ্যগুলো ১০,০০০-এর বেশি স্বতন্ত্র প্রোটিন টার্গেট এবং ৫,০০০-এর বেশি জিনের সাথে সম্পর্কিত। এতে আরএনএ ইন্টারফিয়ারেন্স (RNAi) স্ক্রিনিং পরীক্ষা সংক্রান্ত তথ্যও রয়েছে, যা ১৫,০০০-এর বেশি জিনকে লক্ষ্য করে।[৩]
আগস্ট ২০১৮ পর্যন্ত, এতে ২৪৭.৩ মিলিয়ন পদার্থের বিবরণ, ৯৬.৫ মিলিয়ন স্বতন্ত্র গঠন, ৪০টি দেশের ৬২৯টি উৎস এবং ১.২৫ মিলিয়ন পরীক্ষার মাধ্যমে সংগৃহীত ২৩৭ মিলিয়ন জৈব-কার্যকারিতা তথ্য রয়েছে।[৪]
২০২০ সালের তথ্য অনুসারে, আরও ১০০টির বেশি নতুন উৎস থেকে তথ্য সংযোজনের ফলে এতে ২৯৩ মিলিয়নের বেশি পদার্থের বিবরণ, ১১১ মিলিয়ন স্বতন্ত্র গঠন এবং ২৭১ মিলিয়ন জৈব-পরীক্ষার ফলাফল রয়েছে।[৫]
ডাটাবেস
সম্পাদনাপাবকেমে তিনটি প্রধান ডাটাবেস রয়েছে, যেগুলো নিয়মিতভাবে হালনাগাদ হয়:
- কম্পাউন্ডস (Compounds) – ১১১ মিলিয়ন এন্ট্রি (২০১৭ সালে ছিল ৯৪ মিলিয়ন)। এতে বিশুদ্ধ ও সুনির্ধারিত রাসায়নিক যৌগ অন্তর্ভুক্ত।[৫]
- সাবস্টান্সেস (Substances) – ২৯৩ মিলিয়ন এন্ট্রি। এতে মিশ্রণ, নির্যাস, জটিল যৌগ এবং অনির্ধারিত পদার্থও রয়েছে।
- বায়োঅ্যাসে (BioAssay) – ১.২৫ মিলিয়নের বেশি উচ্চ-ক্ষমতাসম্পন্ন স্ক্রিনিং পরীক্ষার ফলাফল অন্তর্ভুক্ত রয়েছে।
অনুসন্ধান
সম্পাদনাপাবকেমে বিভিন্ন বৈশিষ্ট্যের উপর ভিত্তি করে অনুসন্ধান করা যায়, যেমন রাসায়নিক গঠন, নামের অংশবিশেষ, রাসায়নিক সূত্র, আণবিক ভর, এক্স-লগপি (XLogP), হাইড্রোজেন বন্ড গ্রহণকারী বা দাতা পরমাণুর সংখ্যা ইত্যাদি।
এতে একটি অনলাইন অণু সম্পাদনকারী টুল রয়েছে, যাতে এসএমআইএলইএস/এসএমএআরটিএস ও ইনচিআই সমর্থন রয়েছে এবং প্রায় সব ধরনের প্রচলিত রাসায়নিক ফাইল ফরম্যাট আমদানি ও রপ্তানি করা যায়।
একটি অনুসন্ধান ফলাফলে সংশ্লিষ্ট নাম, বৈশিষ্ট্য, গঠন (এসএমআইএলইএস, ইনচিআইসহ), জৈব-কার্যকারিতা এবং সংশ্লিষ্ট যৌগ ও অন্যান্য এনসিবিআই ডাটাবেস যেমন পাবমেড-এর লিংক থাকে।
লেখা অনুসন্ধানে নির্দিষ্ট ক্ষেত্র অনুসন্ধান করা যায়, যেখানে ক্ষেত্রের নাম স্কোয়ার ব্র্যাকেটের মধ্যে বসানো হয়। সংখ্যাগত পরিসর বোঝাতে দুটি সংখ্যা কোলনের মাধ্যমে পৃথক করা হয়। অনুসন্ধানে অক্ষরসংবেদী নয় এবং AND, OR, NOT যুক্তি অপারেটর ব্যবহার করা যায়। অপারেটর না থাকলে AND ধরা হয়।
উদাহরণ (লিপিনস্কির পাঁচের নিয়ম অনুসারে):
`0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]`
ডাটাবেস ক্ষেত্রসমূহ
সম্পাদনাসনাক্তকরণ নম্বরসমূহ | ||
| • | বর্তমান ডাটাবেসে সনাক্তকরণ নম্বর | [UID] |
| • | পদার্থের সনাক্তকরণ নম্বর | [SID] |
| • | যৌগের সনাক্তকরণ নম্বর | [CID] |
| • | জৈব-পরীক্ষার সনাক্তকরণ নম্বর | [BAID], [AID] |
সাধারণ তথ্য | ||
| • | যেকোনো ডাটাবেস ক্ষেত্র | [ALL] |
| • | মন্তব্য | [CMT] |
| • | জমাদানের তারিখ | [DDAT], [DEPDAT] |
| • | জমাদানকারীর বাইরের আইডি | [SRID], [SRCID] |
| • | উৎসের নাম | [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME] |
| • | উৎস প্রকাশের তারিখ | [SRD], [SRDAT], [RLSDAT] |
| • | মেডিক্যাল সাবজেক্ট হেডিং (MeSH) শব্দ | [MSHT], [MESHT] |
| • | MeSH শ্রেণীকরণ গাছের অবস্থান | [MSHN], [MESHTN] |
| • | MeSH ওষুধবিষয়ক কার্যাবলি | [PHMA], [PHARMA] |
পদার্থের বৈশিষ্ট্য | ||
| • | পদার্থের সমার্থক নাম | [SYNO] |
| • | আইইউপিএসি নাম | [UPAC], [IUPAC] |
| • | ইন্টারন্যাশনাল কেমিক্যাল আইডেন্টিফায়ার (InChI) | [INCHI] |
| • | আণবিক ভর | [MW], [MWT], [MOLWT] |
| • | রাসায়নিক মৌল | [ELMT], [EL] |
| • | হাইড্রোজেন ব্যতীত পরমাণু সংখ্যা | [HAC], [HACNT] |
| • | আইসোটোপ সংখ্যা | [IAC], [IACNT] |
| • | মোট ফর্মাল চার্জ | [TFC], [CHG], [CHRG] |
| • | চিরাল পরমাণু সংখ্যা | [ACC], [ACCNT] |
| • | সংজ্ঞায়িত চিরাল পরমাণু সংখ্যা | [ACDC], [ACDCNT] |
| • | অ-সংজ্ঞায়িত চিরাল পরমাণু সংখ্যা | [ACUC], [ACUCNT] |
| • | হাইড্রোজেন বন্ড গ্রহণকারী পরমাণুর সংখ্যা | [HBAC], [HBACNT] |
| • | হাইড্রোজেন বন্ড দাতা পরমাণুর সংখ্যা | [HBDC], [HBDCNT] |
| • | টটোমার সংখ্যা | [TC], [TCNT], [TTMC] |
| • | ঘূর্ণনযোগ্য বন্ধনের সংখ্যা | [RBC], [RBCNT] |
| • | এক্স-লগপি (XLogP)[৬] | [XLGP], [LOGP] |
যৌগের বৈশিষ্ট্য | ||
| • | যৌগের সমার্থক নাম | [CSYN], [CSYNO] |
| • | উপাদান সংখ্যা | [CC], [CCNT] |
| • | কোভ্যালেন্ট ইউনিট (অণু) সংখ্যা | [CUC], [CUCNT] |
| • | মোট জৈব-কার্যকারিতা তথ্যের সংখ্যা | [TAC] |
আরও দেখুন
সম্পাদনা- রাসায়নিক ডাটাবেস
- CAS কমন কেমিস্ট্রি – আমেরিকান কেমিক্যাল সোসাইটি কর্তৃক পরিচালিত
- কম্পারেটিভ টক্সিকোজেনোমিক্স ডাটাবেস
- চেমবিএল – ইউরোপিয়ান বায়োইনফরমেটিক্স ইনস্টিটিউট পরিচালিত
- কেমস্পাইডার – রয়্যাল সোসাইটি অফ কেমিস্ট্রি (যুক্তরাজ্য) পরিচালিত
- ড্রাগব্যাংক – আলবার্টা বিশ্ববিদ্যালয় পরিচালিত
- আইইউপিএসি – আন্তর্জাতিক রাসায়নিক ইউনিয়ন (IUPAC), সুইজারল্যান্ড
- মলটেবল – ভারতের ন্যাশনাল কেমিক্যাল ল্যাবরেটরি পরিচালিত
- বাইন্ডিংডিবি – ইউনিভার্সিটি অফ ক্যালিফোর্নিয়া, সান দিয়াগো পরিচালিত
- স্ক্রিপডিবি – টরন্টো বিশ্ববিদ্যালয়, কানাডা পরিচালিত
- ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজি ইনফরমেশন (NCBI)
- এনট্রেজ
- জেনব্যাংক
তথ্যসূত্র
সম্পাদনা- ↑ Kim, Sunghwan; Thiessen, Paul A.; Cheng, Tiejun; Zhang, Jian; Gindulyte, Asta; Bolton, Evan E. (৯ আগস্ট ২০১৯)। "PUG-View: programmatic access to chemical annotations integrated in PubChem"। Journal of Cheminformatics। 11 (1): 56। ডিওআই:10.1186/s13321-019-0375-2
। পিএমআইডি 31399858। পিএমসি 6688265 ।
- ↑ "PubChem Source Information"। The PubChem Project। USA: National Center for Biotechnology Information।
- ↑ Kim, Sunghwan; Thiessen, Paul A.; Cheng, Tiejun; Yu, Bo; Shoemaker, Benjamin A.; Wang, Jiyao; Bolton, Evan E.; Wang, Yanli; Bryant, Stephen H. (২০১৬)। "Literature information in PubChem: associations between PubChem records and scientific articles"। Journal of Cheminformatics। 8: Article 32। ডিওআই:10.1186/s13321-016-0142-6 । পিএমআইডি 27293485। পিএমসি 4901473 ।
- ↑ উদ্ধৃতি ত্রুটি:
<ref>ট্যাগ বৈধ নয়;:0নামের সূত্রটির জন্য কোন লেখা প্রদান করা হয়নি - ↑ ক খ উদ্ধৃতি ত্রুটি:
<ref>ট্যাগ বৈধ নয়;2021NARনামের সূত্রটির জন্য কোন লেখা প্রদান করা হয়নি - ↑ Cheng T (নভে ২০০৭)। "Computation of octanol-water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge"। Journal of Chemical Information and Modeling। 47 (6): 2140–2148। ডিওআই:10.1021/ci700257y। পিএমআইডি 17985865।
বহিঃসংযোগ
সম্পাদনা
