১৯৪৮ সালের ১৭ সেপ্টেম্বর উচ্চ মাধ্যমিক প্রথম বর্ষের শ্রেণী কার্যক্রম দিয়ে একটি বেসরকারি কলেজ হিসেবে বর্তমান মাদারীপুর সরকারি কলেজের যাত্রা শুরশুরু হয়। কলেজটির সরকারিকরণ হয় ১৯৭৯ সালে। এর উদ্যোক্তা ছিলেন স্থানীয় গণ্য মান্য ব্যক্তি বর্গ। ১৯৩৭ সনে শেরে বাংলা [[আবুল কাশেম ফজলুল হক|এ.কে. ফজলুল হক]] নির্বাচনী প্রচারাভিযানে মাদারীপুর আসেন। তখনই সর্বপ্রথম স্থানীয় নেতৃবর্গের পক্ষ থেকে মাদারীপুরে একটি কলেজ স্থাপনের দাবি উত্থাপিত হয়। পরবর্তী কালে এ.কে.ফজলুল হক ১৯৪১ সনে মুখ্যমন্ত্রী হিসেবে মাদারীপুর আসেন একটি শিল্প, সংস্কৃতি ও কৃষি প্রদর্শনী উদ্বোধন করতে। এই অনুষ্ঠানে পুনরায় কলেজ প্রতিষ্ঠার দাবি উত্থাপিত হলে তিনি সবরকম সাহায্য সহযোগিতার আশ্বাস প্রদান করেন। এরপর ১৯৪৬ সালে [[হোসেন শহীদ সোহ্রাওয়ার্দী|হোসেন শহীদ সোহরাওয়ার্দী]] মাদারীপুরে এক জনসভায় আসেন। তিনি কলেজ প্রতিষ্ঠার পক্ষে মত দেন এবং চাঁদা তুলে কলেজ প্রতিষ্ঠার জন্য প্রশাসনকে পরামর্শ দেন। তাঁরতার নির্দেশে তৎকালীন এস.ডি.ও ডব্লিউ বি কাদরী কলেজ প্রতিষ্ঠায় তহবিল গঠনে অগ্রনী ভূমিকা গ্রহণ করেন। এসময় কলেজের নামকরণ নিয়ে স্থানীয়দের মাঝে সামান্য মতভিন্নতা দেখা দেয়। কংগ্রেস পন্থীরা চায় কলেজের নাম হোক মাদারীপুর কলেজ; [[নিখিল ভারত মুসলিম লীগ|মুসলিম লীগ]] পন্থীরা চায় নাম হোক ইসলামিয়া কলেজ; আর স্থানীয় ব্যবসায়ী শ্রেণী মনে করেন নামকরণ করা হোক চরমুগরিয়া মার্চেন্টস কলেজ। অবশেষে [[ফরিদপুর জেলা|ফরিদপুরের]] বিশিষ্ট রাজনীতিবিদ জনাব [[ইউসুফ আলী চৌধুরী]]<nowiki/>র (ওরফে মোহন মিয়া) অনুরোধে কলেজের নামকরণ করা হয় পাকিস্তানের তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী [[খাজা নাজিমুদ্দিন|খাজা নাজিমউদ্দিনে]]<nowiki/>র নামানুসারে নাজিমউদ্দিন কলেজ। এই কলেজ প্রতিষ্ঠায় যাঁদের অবদান অম্লন তারা হলেন তৎকালীন এম.এল.এ জনাব এস্কান্দার আলী খান, প্রাক্তন এম.এল.এ জনাব আবুল ফজল, জনাব মমিনউদ্দীন আহমেদ, জনাব দলিলউদ্দীন আহমেদ, জনাব আলিম উদ্দীন আহমেদ, জনাব আব্দুল হামিদ শিকদার, জনাব আচমত আলী খান, জনাব মীর আবদুল মজিদ, জনাব সৈয়দ উদ্দীন আহমেদ, জনাব আবদুর রহমান হাওলাদার এবং আরও অনেকে। উল্লেখ্য, ১৯৫০ সনে মাদারীপুর হাইস্কুল ও ইসলামিয়া হাইস্কুল একত্রীভূত করে বর্তমানের ইউনাইটেড ইসলামিয়া মাদারীপুর হাইস্কুল প্রতিষ্ঠিত হয় এবং ইসলামিয়া হাইস্কুল তার সমস্ত সম্পত্তি কলেজকে প্রদান করে নিজের অস্তিত্বকে বিলুপ্ত করে। প্রতিষ্ঠার ২ বছর পর ১৯৫০ সালে ডিগ্রি এবং দীর্ঘ কালপরিক্রমায় ১৯৯৭ সালে এই কলেজে স্নাতক সম্মান এবং স্নাতকোত্তর কোর্স চালু করা হয়। বর্তমানে এতে উচ্চমাধ্যমিক পর্যায়ে কলা, বিজ্ঞান ও বাণিজ্য এবং অনার্স পর্যায়ে ১৩ টি বিষয়ে পাঠদান করা হয়। ছাত্র-ছাত্রী সংখ্যা প্রায় ৮,০০০। পরবর্তীতে ২০১৯ সালে কলেজটির নাম পরিবর্তন করে মাদারীপুর সরকারি কলেজ করা হয়েছে।<ref name=":0" />
