মসজিদটি ১৫২৩-১৫২৪ সালে (৯৩০ হিজরি) [[হুসেন শাহী বংশ|হুসেন শাহী বংশের]] প্রতিষ্ঠাতা আলাউদ্দিন শাহের পুত্র সুলতান নসরাতনুসরাত শাহ নির্মাণ করেন। পরবর্তীতে বিভিন্ন সময় এই মসজিদের সংস্কার করা হয় এবং মসজিদের গম্বুজগুলো ভেঙ্গে গেলে ধ্বংসপ্রাপ্ত মসজিদে নতুন করে ছাদ দেয়া হয় ১৮৯৭ সালে।<ref name="songram">{{ওয়েব উদ্ধৃতি | ইউআরএল=http://www.dailysangram.com/news_details.php?news_id=32784 | শিরোনাম=টেরাকোটা শিল্পমন্ডিত বাঘা মসজিদ দেশের এক ব্যতিক্রমী প্রত্নসম্পদ | প্রকাশক=দৈনিক সংগ্রাম | তারিখ=১৪ জুন ২০১০ | সংগ্রহের-তারিখ=৬ আগস্ট ২০১৩ | আর্কাইভের-ইউআরএল=https://web.archive.org/web/20160305043444/http://www.dailysangram.com/news_details.php?news_id=32784 | আর্কাইভের-তারিখ=৫ মার্চ ২০১৬ | অকার্যকর-ইউআরএল=হ্যাঁ }}</ref>
