মেসি ২০০০ থেকে ২০০৩ সাল পর্যন্ত [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনার]] যুব একাডেমীর ইনফান্তিল বি, কাদেতে বি এবং কাদেতে এ দলে খেলেছেন। কাদেতে এ দলে খেলার সময় তিনি ৩০ খেলায় ৩৭ গোল করেন। ২০০৩ সালে অর্থনৈতিক সীমাবদ্ধতার কারণে তাকে ক্লাব থেকে প্রায় ছেড়েই দেওয়া হয়েছিল, কিন্তু যুব দলের পশিক্ষণপ্রশিক্ষণ কর্মিদের জোড়াজুড়িতে ক্লাবের ব্যবস্থাপনা পরিষদ তাকে দলে রেখে দেওয়ার সিদ্ধান্ত নেয় (সেসময় [[সেস্ ফ্যাব্রিগাস]]কে ছেড়ে দেওয়া হয়)।<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|title=Barcelona almost let Lionel Messi leave for free|url=http://www.givemesport.com/369519-barcelona-almost-let-lionel-messi-leave-for-free|publisher=GiveMeSport.com|accessdate=২ নভেম্বর ২০১৩}}</ref> ২০০৩–০৪ মৌসুমে মেসি পাঁচটি আলাদা দলে খেলেন, যা একটি রেকর্ড।<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|author=Sandra Sarmiento&Jaume Marcet|url= http://www.fcbarcelona.com/web/english/noticies/futbol/temporada09-10/09/n090918106812.html|title=From 'Infantil B' to World number one|date=১৮ সেপ্টেম্বর ২০০৯|publisher=এফসি বার্সেলোনা অফিসিয়াল|accessdate =২৯ ডিসেম্বর ২০১২}}</ref> তিনি হুভেনিল বি দলে খেলে ১টি গোল করেন এবং হুভেনিল এ দলে খেলার সুযোগ লাভ করেন। সেখানে তিনি ১৪ খেলায় ২১টি গোল করেন। ২০০৩ সালের ২৯ নভেম্বর, [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা সি|বার্সেলোনা সি]] (তের্সেরা দিভিসিওন) দলে এবং ২০০৪ সালের ৬ মার্চ, [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা বি|বার্সেলোনা বি]] (সেহুন্দা দিভিসিওন) দলে তার অভিষেক হয়। ঐ মৌসুমে তিনি উভয় দলের হয়েই খেলেন এবং সি দলের হয়ে তার গোল সংখ্যা ছিল ১০ খেলায় ৫ এবং বি দলের হয়ে ৫ খেলায় শূন্য।<ref name="Lionel Messi Match History Statistics">{{সংবাদ উদ্ধৃতি|url=http://kahkonen.arkku.net/messi/?matches/index/2003-04o|title=Lionel Messi Match History Statistics|publisher=Mika Kähkönen|year=২০১২|accessdate=১৫ ফেব্রুয়ারি ২০১৪}}</ref><ref name="barcaBC">{{সংবাদ উদ্ধৃতি|url=http://hemeroteca.elmundodeportivo.es/preview/2004/03/08/pagina-12/766444/pdf.html?search=Messi|title=Leonel Messi, el prototipo del jugador total|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২|work=এল মুন্দো দেপোর্তিভো|language=স্পেনীয়}}</ref><ref>{{সংবাদ উদ্ধৃতি|url=http://hemeroteca.elmundodeportivo.es/preview/2003/11/29/pagina-46/563828/pdf.html?search=Messi|title=Messi debuta en elBarça C en el derbifrente al Europa|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২|work=এল মুন্দো দেপোর্তিভো|language=স্পেনীয়}}</ref><ref>{{সংবাদ উদ্ধৃতি|url=http://hemeroteca.elmundodeportivo.es/preview/2005/08/26/pagina-13/765467/pdf.html?search=Messi|title=Messi estará en el stage de Peralada|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২|work=এল মুন্দো দেপোর্তিভো|language=স্পেনীয়}}</ref> এই দুই দলে অভিষেকের পূর্বে মেসির দাপ্তরিকমূল দলে অভিষেক হয়েছিল ২০০৩ সালের ১৬ নভেম্বর, [[ফুটবল ক্লাব দু পোর্তো|পোর্তোর]] বিপক্ষে একটি প্রীতি খেলায়ম্যাচে (১৬ বছর এবং ১৪৫ দিন বয়সে)।<ref name="footballdb">{{সংবাদ উদ্ধৃতি|url=http://www.footballdatabase.com/index.php?page=player&Id=222&b=true|title=Lionel Andres Messi — FCBarcelona and Argentina|publisher=ফুটবল ডাটাবেস|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২}}</ref><ref>{{সংবাদ উদ্ধৃতি|url=http://edition.cnn.com/2009/SPORT/football/05/22/messi.football.best.world/index.html|title=Profile: Lionel Messi|author=Tutton, Mark and Duke, Greg|publisher=সিএনএন|date=২২ মে ২০০৯|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২}}</ref>
২০০৪ সালের ১৬ অক্টোবর, [[আরসিডি ইস্পানিওল|ইস্পানিওলের]]এস্পানিওলের বিপক্ষে বার্সেলোনার তৃতীয় কনিষ্ঠতম খেলোয়াড় হিসেবে মেসির [[লা লিগা]]য় অভিষেক হয় (১৭ বছর এবং ১১৪ দিন বয়সে)। অবশ্য, ২০০৭ সালের সেপ্টেম্বরে, [[বোয়ান কিরকিচ]] এই স্থান দখল করেন। ২০০৫ সালের ১ মে, আলবাকেতেআলবাসেতে বালোম্পাইয়ের বিপক্ষে বার্সেলোনার সর্বকনিষ্ঠ খেলোয়াড় হিসেবে লা লিগায় গোল করার রেকর্ড গড়েন মেসি (১৭ বছর ১০ মাস এবং ৭ দিন বয়সে)।<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|url=http://www.fcbarcelona.com/web/english/noticies/futbol/temporada07-08/10/n071016101878.html|title=Meteoric rise in three years|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২| publisher=এফসি বার্সেলোনা অফিসিয়াল}}</ref> অবশ্য, তার এই রেকর্ড ২০০৭ সালেও বোয়ান কিরকিচ ভেঙ্গে ফেলেন।ফেলেন ২০০৭ সালে। বোয়ান ঐ গোলটি মেসির পাস থেকেই করেছিলেন।<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|url=http://www.fcbarcelona.cat/web/english/noticies/futbol/temporada07-08/10/n071020101276.html|title=Krkic enters the record books|accessdate=২৯ নভেম্বর ২০১২|date=২১ অক্টোবর ২০০৭| publisher=এফসি বার্সেলোনা অফিসিয়াল|last=Nogueras|first=Sergi}}</ref> মেসি তার প্রাক্তন কোচ [[ফ্রাংক রাইকার্ড]] সম্পর্কে বলেন: ‘‘আমি কখনও ভুলবনা যে তিনি আমার ক্যারিয়ার শুরু করিয়েছিলেন, মাত্র ১৬ বা ১৭ বছর বয়সে আমার প্রতি তার আস্থা ছিল।’’<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|url=http://www.soccerway.com/news/2009/December/10/messi-rijkaard-gave-us-more-freedom/|title=Messi: "Rijkaard gave us more freedom"|date=১০ ডিসেম্বর ২০০৯|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২|publisher=সকারওয়ে}}</ref> ঐ মৌসুমে মেসি বার্সেলোনা বি দলের হয়েও খেলেন এবং ১৭ খেলায়ম্যাচে ৬ গোল করেন।
