পোর্তোর হয়ে ভাল নৈপুর্নের সুবাদে রিয়াল মাদ্রিদ ২০০৭ সালের ১০ই জুলাই €৩০ মিলিয়ন ইউরোর বিনিময়ে পেপের সাথে ৫ বছর মেয়াদি চুক্তি করে।<ref>[http://www.uefa.com/uefachampionsleague/news/newsid=559801.html Madrid pick up Pepe from Porto]; UEFA.com, 10 July 2007</ref> ২০০৮ সালের ১৫ই মার্চে তার একমাত্র গোলের ([[Own goal|আত্মঘাতী]]) কারনে রিয়াল মাদ্রিদ দেপর্তিভো লা করুণার সাথে ০-১ ব্যবধানে পরাজিত হয়।<ref>[http://es.soccerway.com/news/2008/march/15/deportivo-curse-strikes-again-for-real/ Deportivo curse strikes again for Real]; Soccerway, 15 March 2008</ref> ৮ মাস পরে তিনি তার ক্লাবমেট জ্যাভিয়ার বালবোয়ার সাথে মারামারিতে লিপ্ত হন।<ref>[http://www.marca.com/edicion/marca/futbol/1a_division/real_madrid/es/desarrollo/1056064.html Balboa y Pepe se pelean durante el entrenamiento (Balboa and Pepe fight during training)]; [[Marca (newspaper)|Marca]], 9 November 2007 {{es icon}}</ref>
[[চিত্র:Pepe y aguero.jpg|thumb|255px|uright|পেপে বনাম [[Sergio Agüero|সার্জিও আগুয়েরো]].]]
২০১১ সালের ১২ই জুলাই পেপে রিয়াল মাদ্রিদ এর সাথে চুক্তি নবায়ন করেন যার ফলে তাকে ২০১৫-১৫ মৌসুম পর্যন্ত তাকে রিয়াল মাদ্রিদের হয়ে খেলতে হবে।<ref>{{citeওয়েব webউদ্ধৃতি|url=http://www.realmadrid.com/cs/Satellite/en/1330062486190/noticia/ComunicadoOficial/Official_Announcement_2011-07-12.htm|title=Official announcement|publisher=Real Madrid C.F|date=12 July 2011|accessdate=27 July 2011}}</ref> ২০১১-১২ সালের কোপা দেল রের সেমিফাইনালে তার বিরুদ্ধে ইচ্ছাকৃত [[Lionel Messi|লিওনেল মেসির]] হাত মাড়িয়ে দেয়ার অভিযোগ উঠে।<ref>{{citeসংবাদ newsউদ্ধৃতি|url=http://www.guardian.co.uk/football/2012/jan/19/real-madrid-pepe-stamp-barcelona|title=Real Madrid's Pepe sparks controversy for stamp against Barcelona|publisher=[[The Guardian]]|last=Lowe|first=Sid|date=19 January 2012|accessdate=21 January 2012}}</ref><ref>{{citeসংবাদ newsউদ্ধৃতি|url=http://www.telegraph.co.uk/sport/football/players/lionel-messi/9025910/Barcelona-magician-Lionel-Messi-has-a-rare-talent-that-deserves-protection-after-Real-Madrid-rough-housing.html|title=Barcelona magician Lionel Messi has a rare talent that deserves protection after Real Madrid rough-housing|publisher=The Daily Telegraph|last=Hayward|first=Paul|date=19 January 2012|accessdate=23 January 2012}}</ref> এই ঘটনা নিয়ে স্প্যানিশ মিডিয়ায় অনেক সমালোচনা হলে<ref>{{citeসংবাদ newsউদ্ধৃতি|url=http://www.guardian.co.uk/football/2012/jan/19/spanish-papers-pepe-shameful-messi|title=Spanish papers brand Pepe 'shameful' for stamping on Lionel Messi|publisher=The Guardian|date=19 January 2012|accessdate=23 January 2012}}</ref> পেপে দাবি করেন যে ঘটনাটি অনিচ্ছাকৃত ছিল এবং তিনি এর জন্য ক্ষমা চান।<ref>{{citeওয়েব webউদ্ধৃতি|url=http://www.realmadrid.com/cs/Satellite/en/1330078397341/noticia/Noticia/Pepe:__It_was_unintentional_and_I_apologise_if_Messi_was_offended_.htm|title=Pepe: "It was unintentional and I apologise if Messi was offended"|publisher=Real Madrid C.F|date=19 January 2012|accessdate=23 January 2012}}</ref><ref>{{citeসংবাদ newsউদ্ধৃতি|url=http://www.guardian.co.uk/football/2012/jan/20/pepe-apologise-stamp-lionel-messi-hand|title=Pepe apologises for 'unintentional' stamp on Lionel Messi's hand|publisher=The Guardian|date=20 January 2012|accessdate=23 January 2012}}</ref><ref>{{citeসংবাদ newsউদ্ধৃতি|url=http://www.telegraph.co.uk/sport/football/competitions/la-liga/9032950/Jose-Mourinho-to-quit-as-Real-Madrid-manager-in-June.html|title='Jose Mourinho to quit as Real Madrid manager in June'|publisher=The Daily Telegraph|last=Edwards|first=Luke|date=23 January 2012|accessdate=24 January 2012}}</ref><ref>{{citeওয়েব webউদ্ধৃতি|url=http://www1.skysports.com/football/news/11835/7451569/Pepe-cleared-over-stamp-claims|title=Pepe cleared over stamp claims|publisher=[[Sky Sports]]|date=24 January 2012|accessdate=24 January 2012}}</ref>
