[[মার্চ ২৪|২৪ মার্চ]] [[১৯৭১]] সালে খালেদ মোশাররফকে কুমিল্লাতে চতুর্থ বেঙ্গল রেজিমেন্টের দ্বায়িত্বদায়িত্ব প্রদান করা হয়। [[মার্চ ২৬|২৬ মার্চ]] [[মৌলভীবাজার জেলা|মৌলভীবাজারের]] শমসেরনগরে তিনি ৪র্থ ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্টের দুই কোম্পানি সৈনিক নিয়ে অবস্থান করছিলেন। [[ঢাকা|ঢাকায়]] পাকিস্তানপাকিস্তানি হানাদার বাহিনীর গণহত্যার খবর পেয়ে তিনি বিদ্রোহ করেন এবং সেই রাতে তাঁর বাহিনী নিয়ে [[ব্রাহ্মণবাড়িয়া জেলা|ব্রাহ্মণবাড়িয়ার]] উদ্দেশ্যে রওনা হন। পরদিন [[মার্চ ২৭|২৭ মার্চ]] সকালে ব্রাহ্মণবাড়িয়া পৌঁছালে তাঁর বাহিনী এবং সেখানে আগে থেকে অবস্থানরত মেজর শাফায়াত জামিলের বাহিনী সম্মিলিত হয়। ইতোমধ্যেই তাঁর বেতার নির্দেশ পেয়ে শাফায়াত জামিলের নেতৃত্বে বাঙালি সৈনিকরা ব্রাহ্মণবাড়িয়ায় অবস্থানরত পাঞ্জাবীপাঞ্জাবি সৈনিকদের আটক করেন।<ref name=ali>{{বই উদ্ধৃতি
| year = ২০০৮
| title = ২নং সেক্টর এবং কে ফোর্স কমান্ডার খালেদের কথা (মেজর কামরুল হাসান ভূঁইয়া সম্পাদিত)
|publisher = দিব্যপ্রকাশ
|id = ISBN 984-7008-0001-5
}}</ref> খালেদ চতুর্থ বেঙ্গল রেজিমেন্টের কমান্ডিং অফিসারের দ্বায়িত্ব নেন। পরিস্থিতি বিবেচনা করে তিনি তারতাঁর বাহিনীর অফিস ব্রাহ্মণবাড়িয়া থেকে তেলিপাড়া চা বাগানে সরিয়ে নেন।
গেরিলা যোদ্ধা [[শফি ইমাম রুমী]] সেক্টর-২ এ খালেদ মোশাররফ-এরমোশাররফের অধীনে মেলাঘরে প্রশিক্ষণ গ্রহণ করেন এবং গেরিলা যুদ্ধে অংশ নেন। জুন মাসের শেষের দিকে দুই নম্বর সেক্টর কমান্ডার মেজর খালেদ মোশাররফ এর একটি চিঠি নিয়ে [[শাহাদাত চৌধুরী]] ও হাবিবুল আলম আসেন শরীফ ইমামের বাড়িতে। পাকিস্তানি হানাদার বাহিনীর চলাচল ব্যাহত করার উদ্দেশ্যে খালেদ মোশাররফ তাঁর কাছে বাংলাদেশের ব্রিজসেতু ও কালভার্টের ব্যাপারে তথ্য চেয়ে পাঠান। [[শরীফ ইমাম]] ব্রিজের ঠিক কোন কোন পয়েন্টেস্থানে এক্সপ্লসিভবিস্ফোরক বেঁধে ওড়ালে ব্রিজসেতু ভাঙবে অথচ কম ক্ষতি হবে অর্থাৎ দেশ স্বাধীন হওয়ার পর সহজে মেরামত করা যাবে, সেভাবে বিস্তারিত তথ্য দিতেন মুক্তিযোদ্ধাদের।<ref name=Prothom-AloKarmakar>[http://archive.prothom-alo.com/detail/news/15876 দৈনিক প্রথম আলো, "মুক্তিযুদ্ধের নিভৃত এক সহযাত্রী", প্রশান্ত কর্মকার | তারিখ: ৩০-১০-২০০৯]</ref>
[[পাকিস্তান|পাকিস্তানি]] সেনাবাহিনীকে সফল প্রতিরোধ করতে করতে মধ্য এপ্রিলে তিনি পাকিস্তানপাকিস্তানি সেনাবাহিনীর অবিরাম বিমান আক্রমণের শিকার হন, ফলে তিনি [[ত্রিপুরা]] রাজ্যে অবস্থান নেন। [[মুজিবনগর সরকার]] তাকেতাঁকে [[২ নং সেক্টর|২ নং সেক্টরের]] দ্বায়িত্বদায়িত্ব দেয়। যুদ্ধের সময় খালেদ মোশাররফ লেফটেনেন্ট কর্ণেলেরকর্নেলের পদে উন্নিতউন্নীত হন। [[অক্টোবর ২৩|২৩ অক্টোবর]] খালেদ মোশাররফ মাথায় গুলি লেগে মারাত্বকমারাত্মক আহত হন এবং লক্ষ্ণৌ মিলিটারিসামরিক হাসপাতালে দীর্ঘ চিকিৎসা লাভের পর সুস্থ হন।<ref>{{বই উদ্ধৃতি |title= একাত্তরের বীরযোদ্ধা, খেতাব পাওয়া মুক্তিযোদ্ধাদের বীরত্বগাথা (দ্বিতীয় খন্ড)|last= |first= |authorlink= |coauthors= |year=মার্চ ২০১৩ |publisher= প্রথমা প্রকাশন |location= |isbn= 9789849025375|page= ৪৪|pages= |accessdate= |url=}}</ref>
