আরবি ‘আতা’ থেকে ‘আতিয়া’ শব্দটির উৎপত্তি, যার ব্যুৎপত্তিগত অর্থ হলোহল ‘দান কৃত’। আলীআলি শাহান শাহ্ বাবা [[আদম কাশ্মিরী]] (রঃর.)- কে সুলতান আলাউদ্দিন হুসায়েনহুসাইন শাহ টাঙ্গাইল জেলার জায়গিরদার নিযোগনিয়োগ দান করলে তিনি এই অঞ্চলে এসে বসবাস শুরু হরেন; সেসময়সে সময় তিনি ইসলাম ধর্ম প্রচারের এবং আনুষঙ্গিক ব্যয় নির্বাহের জন্য আফগান নিবাসী কররানী শাসক সোলাইমান কররানীর কাছ থেকেসংলগ্নথেকে সংলগ্ন এলাকা দান বা ওয়াকফ্ হিসাবে লাভ করেন। এবং এই এলাকাটি তাঁকে দান করায় এই অঞ্চলটির নাম হয়েছে ‘আতিয়া’।<ref name=autogenerated2 />
পরবর্তীতে বাবা আদম কাশ্মিরীর পরামর্শক্রমে সাঈদ খান পন্নী নামক সূফিজীরসুফিজির এক ভক্তকে মোগল সম্রাট জাহাঙ্গীরজাহাঙ্গির উক্ত আতিয়া পরগণার শাসন কর্তা হিসেবে নিয়োগ দান করেন। এই সাঈদ খান পন্নীই ১৬০৮ সালে বাবা আদম কাশ্মিরীর কবরের সন্নিকটে আতিয়া মসজিদ নির্মাণ করেন।
মুহাম্মদ খাঁ নামক তৎকালিনতৎকালীন এক প্রখ্যাত স্থপতি এই মসজিদ নির্মানেরনির্মাণের পরিকল্পনা ও নির্মাণ কাজে সংশ্লিষ্ট ছিলেন। রওশন খাতুন চৌধুরাণী ১৮৩৭ সালে এবং আবুল আহমেদ খান গজনবী ১৯০৯ সালে মসজিদটির সংস্কার করেন।<ref>[http://islambarta.com/2012/05/4105/ IslamBarta.com » সংস্কারের অভাবে হারিয়ে যাচ্ছে দশ টাকার নোটের আতিয়া মসজিদ<!-- Bot generated title -->]</ref> পরবর্তীতে বাংলাদেশ সরকার এই মসজিদটিকে প্রত্নতাত্ত্বিক নিদর্শন হিসেবে অধিগ্রহণ করেন।
