পাকিস্তানী সামরিক জান্তার পক্ষে এ হত্যাকাণ্ডের মূল পরিকল্পনাকারী ছিলেন মেজর জেনারেল রাও ফরমান আলী। আর তাকে তালিকা প্রস্তুতিতে সহযোগীতা ও হত্যাকাণ্ড বাস্তবায়নের পেছনে ছিল মূলত [[জামায়াতে ইসলামী বাংলাদেশ|জামায়াতে ইসলামী]] কর্তৃক গঠিত কুখ্যাত [[আল বদর]] বাহিনী।<ref name=two>''সাপ্তাহিক ২০০০(বিজয় দিবস সংখ্যা)'', ১৮ ডিসেম্বর, ১৯৯৮, পৃ-৪৫</ref> বুদ্ধিজীবী হত্যার পরিকল্পনাকারী [[আলী আহসান মুহাম্মদ মুজাহিদ]]<ref> [বুদ্ধিজীবী হত্যার দায়ে মুজাহিদের ফাঁসি বহাল] is good,have a look at it! http://m.prothom-alo.com/bangladesh/article/554854 </ref>বুদ্ধিজীবী হত্যার প্রধান ঘাতক ছিলেন বদর বাহিনীর [[চৌধুরী মঈনুদ্দীন]] (অপারেশন ইন-চার্জ) ও [[আশরাফুজ্জামান খান]] (প্রধান জল্লাদ)। ১৬ ডিসেম্বরের পর আশরাফুজ্জামান খানের নাখালপাড়ার বাড়ি থেকে তার একটি ব্যক্তিগত ডায়েরী উদ্ধার করা হয়, যার দুটি পৃষ্ঠায় প্রায় ২০ জন বুদ্ধিজীবীর নাম ও বিশ্ববিদ্যালয়ে তাদের কোয়ার্টার নম্বরসহ লেখা ছিল। তার গাড়ির ড্রাইভার মফিজুদ্দিনের দেয়া সাক্ষ্য অনুযায়ী রায়ের বাজারের বিল ও মিরপুরের শিয়ালবাড়ি বদ্ধভূমি হতে বেশ কয়েকজন বুদ্ধজীবীর গলিত লাশ পাওয়া যায় যাদের সে নিজ হাতে গুলি করে মেরেছিল।<ref name=times>[http://www.thebengalitimes.ca/details.php?news=&val=551&pub_no=11&menu_id=2 www.thebengalitimes.ca]</ref> আর চৌধুরী মঈনুদ্দীন ৭১ সালে জামায়াতে ইসলামীর কেন্দ্রীয় কমিটির সদস্য ছিলেন। তিনি অবজারভার ভবন হতে বুদ্ধিজীবীদের নাম ঠিকানা রাও ফরমান আলী ও ব্রিগেডিয়ার বশীর আহমেদকে পৌঁছে দিতেন।<ref name=two/> এছাড়া আরো ছিলেন [[এ বি এম খালেক মজুমদার]] (শহীদুল্লাহ কায়সারের হত্যাকারী), [[মাওলানা আবদুল মান্নান]] (ডাঃ আলীম চৌধুরীর হত্যাকারী)<ref name=panna>{{cite book|last= পান্না কায়সার |title= মুক্তিযুদ্ধঃ আগে ও পরে |publisher= আগামী প্রকাশনী |isbn= 984-401-004-7}}</ref>, [[আবদুল কাদের মোল্লা]] (কবি মেহেরুন্নেসার হত্যাকারী) প্রমুখ। চট্টগ্রামে প্রধান হত্যাকারী ছিলেন [[ফজলুল কাদের চৌধুরী]] ও তার দুই ছেলে [[সালাউদ্দিন কাদের চৌধুরী]] এবং [[গিয়াস কাদের চৌধুরী]]।
