অধ্যাপক অজয় রায় বাংলাদেশের সংখ্যালঘুদের উপর নির্যাতন এবং নিপীড়নরোধে উল্লেখযোগ্য কাজ করেছেন <ref>[http://www.ittefaq.com/content/2008/12/27/news0932.htm সংখ্যালঘু, আদিবাসী ও নারীভোটারদের নিরাপত্তা দেখভালে সম্প্রীতি মঞ্চ, দৈনিক ইত্তেফাক, ডিসেম্বর ২৭, ২০০৮]</ref>,<ref>সুশীল সমাজের সম্মিলিত উদ্যোগই সাম্প্রদায়িক শক্তিকে মোকাবেলা করতে পারে, বিশেষ সাক্ষাৎকারে অজয় রায়, প্রথম আলো ফেব্রুয়ারী ১৫, ২০০৪</ref>। ২০০১ সালের নির্বাচনের অব্যবিতঅব্যবহিত পর বাংলাদেশে সংখ্যালঘু সম্প্রদায়ের উপর নির্যাতন এবং নিপীড়ন বৃদ্ধি পেলে তিনি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের বুদ্ধিজীবীদের সাথে নিয়ে ‘নাগরিক অধিকার সংরক্ষণ ও সাম্প্রদায়িকতা প্রতিরোধ কমিটি’র ব্যানারে সাম্প্রদায়িকতা বিরোধী আন্দোলন পরিচালনা করেন। এসময় তিনি মনিটরিং সেল গঠন করে বিভিন্ন সংস্থার সাথে মিলে সংখ্যালঘুদের সহায়তা করেন। ইন্টারনেটে সংখ্যালঘুদের দুর্দশার বিবরণ লিপিবদ্ধ করে 'বিচারের বাণী নিরবে নিভৃতে কাঁদে' শিরোনামে সিরিজ শুরু করেন<ref>[http://www.mukto-mona.com/Articles/ajoy/ Bicharer Vanee Nirabe Nivrite Kande, Prof. Ajoy Roy's Article page]</ref>। ভোলার অন্নদাপ্রসাদ গ্রামে বিভিন্ন নির্যাতিত নারীদের শেল্টারের ব্যবস্থা করেন এবং দাঙ্গায় যারা গৃহ হারিয়েছিলেন, তাদের গৃহ পুনঃনির্মানে উদ্যোগী ভুমিকা পালন করেন <ref>[http://www.mukto-mona.com/Articles/ajoy/bhola_trip.htm Trip To Bhola: Annada Prasad Cries in Silence & Anguish, মুক্তমনা]</ref>,<ref>[http://www.drishtipat.org/CheyeDekhoProject/bhola.html দৃষ্টিপাতের ওয়েব সাইটে ভোলার বর্ণনা]</ref> । অধ্যাপক জিল্লুর রহমানের সাথে মিলে অধ্যাপক অজয় রায় ‘গণ তদন্ত কমিশন’ তৈরি করেন, যার প্রতিবেদন প্রকাশিত হয় ডিসেম্বর ২০০২ সালে <ref>[http://mukto-mona.com/human_rights/minority/report.htm Report of the Public Inquiry Commission]</ref>। দেশের পাহাড়ি জনগন এবং আদিবাসীদের অধিকার এবং সায়ত্বশাসনও তিনি জোরালোভাবে সমর্থন করেন। তিনি মনে করেন,পার্বত্য এলাকার সাংস্কৃতিক ঐতিহ্য রক্ষায় পার্বত্য চট্টগ্রাম থেকে সেনাবাহিনী ও বাঙালি অধিবাসীদের অবিলম্বে সরিয়ে নেয়া দরকার <ref>[http://www.bdnews24.com/bangla/details.php?id=48422&cid=2&aoth=1 'পার্বত্য চট্টগ্রাম থেকে সেনা সরিয়ে নেয়া উচিত', বিডিনিউজ টোয়েন্টিফোর ডটকম; এপ্রিল ২৪, ২০০৯]</ref>,<ref>[http://www.amadershomoy.com/content/2009/04/25/news0545.htm আমাদের সময়, এপ্রিল ২৫, ২০০৯]</ref> ।
