জাপান একটি দ্বীপময় দেশ। দেশটি এশিয়ার পূর্ব উপকূল থেকে প্রসারিত হয়েছে। উত্তর থেকে দক্ষিণে চারটি মূল দ্বীপের নাম যথাক্রমে হোক্কাইদো, হনশু, শিকোকু এবং কিয়ুশু। কিয়ুশুর ৩৮০ মাইল দক্ষিণ-পশ্চিমে ওকিনাওয়া দ্বীপ অবস্থিত। এছাড়াও দ্বীপপুঞ্জটিতে আরও প্রায় ৩০০০ ক্ষুদ্র দ্বীপ রয়েছে। জাপানের প্রায় তিন-চতুর্থাংশ এলাকা পর্বতময়। প্রতিটি প্রধান দ্বীপের মধ্য দিয়ে একটি পর্বতশ্রেণী চলে গেছে। বিশ্বখ্যাত ফুজি পর্বত জাপানের সর্বোচ্চ পর্বত। জাপানের সমতল ভূমি খুব কম বলে অনেক পাহাড়-পর্বতের গায়েই একেবারে চূড়া পর্যন্ত চাষবাস করা হয়। জাপান প্রশান্ত মহাসাগরের একটি ভূমিকম্প এলাকাতে অবস্থিত বলে দ্বীপগুলিতে প্রায়শই নিম্ন আকারের ভূকম্পন অনুভূত হয় এবং আগ্নেয় তৎপরতা দেখতে পাওয়া যায়। প্রতি শতকেই বেশ কয়েকবার বড় আকারের ধ্বংসাত্মক ভূমিকম্প ঘটে থাকে। জাপানে প্রচুর উষ্ণ প্রস্রবণ আছে এবং এগুলিকে পর্যটনকেন্দ্র হিসেবে গড়ে তোলা হয়েছে।

জাপানের ভূ-সংস্থানিক মানচিত্র
শিনানো নদী নিগাতা শহরে

জাপানের জলবায়ু অবস্থানভেদে বেশ ভিন্ন। হোক্কাইদো দ্বীপের সাপ্পোরোতে গ্রীষ্মকাল উষ্ণ এবং শীতকাল দীর্ঘ ও বরফময়। কিন্তু হনশু দ্বীপের মধ্য ও পশ্চিমভাগে অবস্থিত তোকিও, নাগয়া, কিয়োতো, ওসাকা এবং কোবে শহরের শীতকাল বেশ মৃদু এবং বরফ পড়ে না বললেই চলে। কিয়ুশু দ্বীপে শীতকাল মৃদু এবং গ্রীষ্মকালে বৃষ্টিপাত হয়। ওকিনাওয়া দ্বীপের জলবায়ু উপ-ক্রান্তীয় ধরনের।