ঈশা খাঁ কেদার রায়ের বিধবা ভাইজিকন্যা স্বর্ণময়ীকে অপহরণ করলে ক্রুদ্ধ [[কেদার রায়]] ঈশা খানের রাজধানী আক্রমণ করেন । কেদার রায়ের আক্রমণে ভীত ঈশা খাঁ প্রাণভয়ে মেদিনীপুরে পালিয়ে যান।<ref>''মেদিনীপুরের ইতিহাস'', যোগেন্দ্রনাথ বসু </ref> কেদার রায় ঈশার প্রায় সম্পূর্ণ জমিদারির দখল নিয়ে নেন । ঈসা খান অজ্ঞাত রোগে তার স্ত্রী ফাতেমা খানের বাড়ি ফুলহরি (ফুলদি) জমিদার বাড়ি ১৫৯৯ সালের সেপ্টেম্বর মাসে মারা যান। পরবর্তীতে তার শশুর জমিদার মুন্সী মুহাম্মদ নাসির খাঁর শাষনাধীন মৌজা বক্তিয়ারপুর (বক্তারপুর) বাজারের সন্নিকটে তাকে সমাধিস্থ করা হয়। বাংলাদেশের [[গাজীপুর জেলা]]র [[কালীগঞ্জ উপজেলা]]র অন্তর্গত বক্তারপুর নামক গ্রামে তার সমাধি রয়েছে। সম্প্রতি ঈশা খাঁর সমাধিস্থলটি গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকার কর্তৃক গৃহীত উদ্যোগে নতুন করে সংস্কার করা হয়েছে।