জাফরুল্লাহর জন্ম ১৯৪১ সালের ২৭ ডিসেম্বর [[চট্টগ্রাম জেলা|চট্টগ্রাম জেলার]] [[রাউজান উপজেলা|রাউজানে]]।<ref name="প্রআ"/> তার বাবার শিক্ষক ছিলেন বিপ্লবী '''মাস্টারদা সূর্যসেন'''। পিতামাতার দশজন সন্তানের মধ্যে তিনি সবার বড় ।<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|ইউআরএল=http://www.m.mzamin.com/article.php?mzamin=144793|শিরোনাম=কে এই জাফরুল্লাহ চৌধুরী|শেষাংশ=|প্রথমাংশ=|তারিখ=২৯ এপ্রিল ২০২০|ওয়েবসাইট=www.m.mzamin.com|আর্কাইভের-ইউআরএল=|আর্কাইভের-তারিখ=|ইউআরএল-অবস্থা=কার্যকর|সংগ্রহের-তারিখ=2020-04-29}}{{অকার্যকর সংযোগ|তারিখ=সেপ্টেম্বর ২০২০ |bot=InternetArchiveBot |ঠিক করার প্রচেষ্টা=yes }}</ref> [[ঢাকা|ঢাকার]] বকশীবাজারের নবকুমার স্কুল থেকে মেট্রিকুলেশন এবং ঢাকা কলেজ থেকে ইন্টারমিডিয়েট উত্তীর্ণের পর তিনি ১৯৬৪ সালে [[ঢাকা মেডিকেল কলেজ]] থেকে এমবিবিএস এবং ১৯৬৭ সালে বিলেতের রয়্যাল কলেজ অব সার্জনস থেকে এফআরসিএস প্রাইমারি পরীক্ষায় উত্তীর্ণ হন।<ref name="প্রআ"/><ref name="মেভ"/>
