১৯৯০ সালে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ইসলামের ইতিহাস ও সংস্কৃতি বিভাগে লেকচারারপ্রভাষক হিসেবে যোগ দেন অধ্যাপক আখতারুজ্জামান। তিনি ২০০৮ থেকে ২০১১ সাল পর্যন্ত এ বিষয়ের এবং ২০১৫-সালে আরবি বিভাগের চেয়ারম্যান হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। কলা অনুষদের নির্বাচিত ডিন হিসেবে ২০১৪ সাল থেকে ২০১৬ পর্যন্ত দায়িত্ব পালন করেন অধ্যাপক আখতারুজ্জামান। পেশাগত জীবনে ১৯৯৫ সালের ১৫ জানুয়ারি সহকারী অধ্যাপক, ২০০০ সালের ২ জানুয়ারি সহযোগী অধ্যাপক এবং জানুয়ারি ২০০৪ সালে তিনি অধ্যাপক পদে পদোন্নতি পান। আখতারুজ্জামান ২০০৭ থেকে ২০১৩ সাল পর্যন্ত ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের কবি জসীম উদ্দীন হলের প্রাধ্যক্ষ হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। <ref>[http://www.banglatribune.com/national/news/240643/ বাংলা ট্রিবিউন]</ref> তিনি ২০০৪, ২০০৫ ও ২০০৬ মেয়াদে তিন দফায় ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় শিক্ষক সমিতির সাধারণ সম্পাদক এবং ২০০৯ ও ২০১১ এ সহ-সভাপতি নির্বাচিত হন।
