১৯০৮ সালে এ এলাকাটি প্রথম আবিষ্কার করেন [[Percy Fawcett|পার্সি ফসেট]] যা বর্তমানের জাতীয় উদ্যান। প্রায় ৭০ বছর পর এ বিষয়ে পুণরায়পুনরায় নজরে আসে। ১৯৭০-এর দশকে ভূতত্ত্ববিদগণকে বলিভিয়ার প্রাক-কাম্ব্রিয়ান শিল্ড অঞ্চলের পার্বত্য এলাকা জরীপের জন্য প্রেরণ করা হয়। তারা এর ভূতত্ত্ব ও ভৌগোলিক গঠন এবং প্রথমবারের মতো মানচিত্র আকারে প্রকাশ করেন। এরফলে ঐ সময়ের প্রথিতযশা জীববিজ্ঞানী [[Noel Kempff Mercado|নোয়েল কেম্ফ মার্কাদো]] ভীষণভাবে আকৃষ্ট হন। মার্কাদো এর সংরক্ষণে বৈশ্বিকভাবে গুরুত্বপূর্ণ প্রচারণা চালান। দূর্ভাগ্যবশতঃ মার্কাদো মাদক চোরাকারবারীদের হাতে মর্মান্তিকভাবে নিহত হন ও তাঁর স্বপ্ন বাস্তবে পরিণত হবার বিষয়টি দেখতে পারেননি। সরকার এ উদ্যানটি প্রতিষ্ঠা করেন ও তাঁর সম্মানার্থে এ উদ্যানের নামকরণ করেন। ১৯৮৮ সালে এ উদ্যানের প্রতিষ্ঠা করা হয় ও ৭৫০০০০ হেক্টর আয়তনের এ এলাকাটি অভয়ারণ্য হিসেবে পরিচিতি পায়।<ref>Killeen, T. J. 1998 Vegetation and flora of Noel Kempff Mercado National Park. In A biological assessment of Parque Nacional Noel Kempff Mercado, Bolivia. RAP working papers 10 (eds T. J. Killeen & T. S. Schulenberg), pp. 61-85.Washington, DC: Conservation International.</ref>
