১৯৯৭ সালের ২ নভেম্বর জামিয়া উলুমুল ইসলামিয়ার দুই পন্ডিতপণ্ডিত হাবিবুল্লাহ মুখতার ও আবদুস সামিকে লক্ষ্য করে দু'জন মোটরসাইকেল আরোহী তাদের ভ্যানে একটি বিস্ফোরক ডিভাইস ছুড়ে মারলে, তারা নিহত হন।<ref name="shamzai">{{ওয়েব উদ্ধৃতি|ইউআরএল=http://archives.dailytimes.com.pk/national/31-May-2004/mufti-shamzai-a-profile|শিরোনাম=Archived copy|আর্কাইভের-ইউআরএল=https://web.archive.org/web/20141024041340/http://archives.dailytimes.com.pk/national/31-May-2004/mufti-shamzai-a-profile|আর্কাইভের-তারিখ=2014-10-24|ইউআরএল-অবস্থা=dead|সংগ্রহের-তারিখ=2014-10-24}}</ref><ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|ইউআরএল=http://www.outlookindia.com/printarticle.aspx?204923|শিরোনাম=www.outlookindia.com - Lessons In Jehad|আর্কাইভের-ইউআরএল=https://web.archive.org/web/20150924135614/http://www.outlookindia.com/printarticle.aspx?204923|আর্কাইভের-তারিখ=24 September 2015|ইউআরএল-অবস্থা=dead|সংগ্রহের-তারিখ=31 July 2015}}</ref> আরেকজন পন্ডিতপণ্ডিত ইউসুফ লুধিয়ানভি, ১৮ মে ২০০০ সালে [[করাচী|করাচিতে]] বন্দুকধারীদের গুলিতে নিহত হয়েছিল। ২০০৩ সালের ৩০ মে বান্নুরী মসজিদের সামনে সশস্ত্র লোকজন মাদ্রাসার তৎকালীন প্রধান মুফতি নিজামউদ্দিন শামজাই'র গাড়িতে হামলা চালালে তিনি নিহত হন।<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|ইউআরএল=http://archives.dailytimes.com.pk/national/10-Oct-2010/karachi-s-sectarian-war-may-escalate|শিরোনাম=Archived copy|আর্কাইভের-ইউআরএল=https://web.archive.org/web/20141024041419/http://archives.dailytimes.com.pk/national/10-Oct-2010/karachi-s-sectarian-war-may-escalate|আর্কাইভের-তারিখ=2014-10-24|ইউআরএল-অবস্থা=dead|সংগ্রহের-তারিখ=2014-10-24}}</ref> ২০০৪ সালের অক্টোবর জামিল আহমদ খান নামে আরও এক আলেম মোটরসাইকেলে দুই বন্দুকধারীর গুলিতে নিহত হন।<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|ইউআরএল=http://www.dawn.com/news/397173/mufti-jameel-associate-shot-dead|শিরোনাম=Mufti Jameel, associate shot dead|প্রকাশক=|সংগ্রহের-তারিখ=31 July 2015}}</ref> ১৩ই মে ২০১২ সালে, আসলাম শেখুপুরির গাড়িতে দুই মোটরসাইকেল বন্দুকধারী গুলি করলে তিনি গুলিবিদ্ধ হয়ে নিহত হন। তিনি ২৫ বছর ধরে [[জামিয়া|জামিয়ার]] সাথে যুক্ত ছিলেন।<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|ইউআরএল=http://tribune.com.pk/story/378464/sectarian-target-killings-deobandi-leader-gunned-down-in-busy-street/|শিরোনাম=‘Sectarian’ target killings? : Deobandi leader gunned down in busy street|ওয়েবসাইট=The Express Tribune|সংগ্রহের-তারিখ=31 July 2015}}</ref>
