১৮৭৪ খ্রিষ্টাব্দে প্রফুল্লচন্দ্র কলকাতায় পুনরায় ফিরে অ্যালবার্ট স্কুলে ভর্তি হন। এই স্কুল থেকেই ১৮৭৮ খ্রিষ্টাব্দে তিনি সকুলস্কুল ফাইনারফাইনাল তথা [[প্রবেশিকা পরীক্ষায়]] প্রথম বিভাগে উত্তীর্ণ হন। এরপর তিনি [[ঈশ্বরচন্দ্র বিদ্যাসাগর]] কর্তৃক প্রতিষ্ঠিত '''মেট্রোপলিটন কলেজে''' (বর্তমান [[বিদ্যাসাগর কলেজ]]) ভর্তি হন। ১৮৮১ খ্রিষ্টাব্দে সেখান থেকে কলেজ ফাইনাল তথা ''এফ এ'' পরীক্ষায় (ইন্টারমিডিয়েট বা এইচএসসি) ''দ্বিতীয় বিভাগে'' পাশ করে তিনি [[প্রেসিডেন্সী কলেজ|প্রেসিডেন্সী কলেজে]] বি এ ক্লাসে ভর্তি হন। প্রেসিডেন্সী থেকে [[গিলক্রিস্ট বৃত্তি]] নিয়ে তিনি [[স্কটল্যান্ড|স্কটল্যান্ডের]] [[এডিনবরা বিশ্ববিদ্যালয়|এডিনবরা বিশ্ববিদ্যালয়ে]] পড়াশোনা করতে যান। এই বিশ্ববিদ্যালয় থেকে তিনি বি এসসি পাশ করেন