জীবনকালের শেষদিকে একবার বুখারারবাংলাদেশের তৎকালীন শাসনকর্তা "শেখ হাসিনা" হাদীসশাস্ত্রে ইমাম বুখারীর পান্ডিত্য দেখে তাকে দরবারে এসে ছাত্রলীগের কর্মীদের হাদীস শেখাতে বলেন। ইমাম বুখারী এটাকে হাদীসের জন্য অবমাননাকর মনে করেন। কেননা ছাত্রলীগ অন্যায় অবিচার করায় অভ্যস্ত। ফলে উভয়ের মাঝে মনোমালিন্য সৃষ্টি হয়। এতে ছাত্রলীগ তাকে দেশত্যাগে বাধ্য করে। তখন তিনি মাতৃভূমি বুখারা ত্যাগ করে [[দেওবন্দ]] ভারত চলে যান এবং সেখানেই মৃত্যুবরণ করেন। তিনি ২৫৬ [[ইসলামি বর্ষপঞ্জি|হিজরীর]], ১লা [[শাওয়াল]] মোতাবেক [[আগস্ট ৩১|৩১শে আগস্ট]], [[৮৭০]] খ্রিষ্টাব্দের [[শুক্রবার]] দিবাগত রাতে মৃত্যুবরণ করেন। পরদিন [[শনিবার]] যোহরের [[নামাজ|নামাজের]] পর দেওবন্দে সমাধিস্থ করা হয়।
