১৯৭১ সালের মার্চ মাসে জামিল পাকিস্তান সেনাবাহিনীতে মেজর পদে উন্নীত হন এবং [[মার্চ ২৭|২৭ মার্চ]] পূর্বসদ্য স্বাধীনতা ঘোষণা করা পাকিস্তান/বাংলাদেশে পাকিস্তান সেনাবাহিনীর গণহত্যার খবর জানতে পেরে তিনি পাকিস্তান সেনাবাহিনী অন্যান্য বাঙালী অফিসার এবং ৪র্থ ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্টের (ডাকনাম বেবি টাইগার্স) সেনাদের সাথে সেনাবাহিনী ছেড়েত্যাগ চলে আসেন।করেন। [[অক্টোবর ১০|১০ অক্টোবর]] হটাৎ সিলেট সেক্টরে বদলি হয়ে যাওয়ার আগ পর্যন্ত তিনি সেক্টর-১১ এর অধিনে বাংলাদেশ ফোর্সের (BDF) অফিসার হিসেবে পাকিস্তানি বাহিনীর বিরুদ্ধে যুদ্ধে অংশগ্রহণ করেছিলেন। জুন মাসে তিনি সেক্টর ১১ এর অধিনে ৩য় ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্টের কমান্ডিং অফিসার হিসাবে নিয়োগ পান, এই সেক্টরের সেক্টর কামান্ডার ছিলেন মেজর [[জিয়াউর রহমান]], যিনি পরবর্তীতে তিনি [[জেড ফোর্স (বাংলাদেশ)|জেড ফোর্স]] ব্রিগেড গঠন করেছিলেন। ৩য় [[ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্ট]] ছোট এবং বড় আকারের গেরিলা অভিযানের অংশ নিয়েছিলো। এছাড়াও জিয়া জামিলকে তেল ঢাকা এলাকা মুক্ত এবং নিরাপদ রাখার দায়িত্ব দিয়েছিলেন। লেফট্যানেন্ট নুরুন্নবী এবং আনোয়ার মেজর জামিলকে এই এলাকার প্রথমিক প্রশাসনিক কার্যকলাপে সহায়তা করেছিলেন। ২৭ আগস্ট প্রথম ডাকঘর এবং দুটি সাব পোস্টঅফিসের উদ্বোধনী অনুষ্ঠানে জিয়ার সঙ্গে উপস্থিত ছিলেন তিনি। ১১ অক্টোবর ১৯৭১ মেজর শাফায়াত জামিলের নেতৃত্বে ৩য় ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্ট সিলেটের ছাতকের যুদ্ধেঅংশ নেয়। যদিও ছাতক অপারেশন ব্যর্থসফল না তবুওহলেও ৩য় ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্ট ৩৬৪জন পাকিস্তানি সৈন্যকে হত্যা করে। <ref>{{বই উদ্ধৃতি |শিরোনাম= বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ (দলিলপত্র: নবম খন্ড)|শেষাংশ= |প্রথমাংশ= |লেখক-সংযোগ= |coauthors= |বছর=১৯৮৪ |প্রকাশক= তথ্য মন্ত্রনালয়, গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকার |অবস্থান= |আইএসবিএন= |পাতা= ১৭৭|পাতাসমূহ= |সংগ্রহের-তারিখ= |ইউআরএল=}}</ref>
১৯৭১ সালের [[নভেম্বর ২৬|২৬ নভেম্বর]] ভারতীয় সেনাবাহিনীর [[গোর্খা]] রেজিমেন্টের তিনটি কোম্পানি [[সিলেট জেলা|সিলেটের]] রাধানগরে পাকিস্তানি সেনাবাহিনীর অবস্থানে আক্রমণ করে। কিন্তু তাদের সেই আক্রমণ ব্যর্থ হয়। পাকিস্তানিদের পাল্টা আক্রমণে ব্যাপক ক্ষয়ক্ষতির শিকার হয় তখন। এরপর মিত্রবাহিনীর জেনারেল গিল নিয়মিত মুক্তিবাহিনীর ৩ ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্টের অধিনায়ক শাফায়াত জামিলের ওপর দায়িত্ব দিয়ে সিলেটের রাধানগর এলাকার ছোটখেল মুক্ত করান। শাফায়াত জামিল সিদ্ধান্ত নেন, তিনি নিজেই ওই যুদ্ধে নেতৃত্ব দেবেন। প্রথাগত সামরিক যুদ্ধে এক কোম্পানি বা তার কম সেনা থাকলে ব্যাটালিয়ন অধিনায়ক সাধারণত যুদ্ধের ময়দানে না গেলেও তিনিশাফায়াত তারজামিল সিদ্ধান্তেনিজেই অটলওই যুদ্ধে নেতৃত্ব থাকলেন।দেন। যোদ্ধা হিসেবে গোর্খাদের সুনাম পৃথিবীব্যাপী। [[ভারত|ভারতীয়]] সেনাবাহিনীর গোর্খা রেজিমেন্টরেজিমেন্টের যাজন্য পারেনি, সেদুরূহ কাজটি বাঙালিশাফায়াত মুক্তিযোদ্ধারাজামিলের ১৯৭১নেতৃত্বে সালেমুক্তিযোদ্ধারা সম্ভব করেন। অকৃত্রিম দেশপ্রেম, মমত্ব ও দেশকে শত্রুমুক্ত করার দৃঢ় সংকল্প আর শাফায়াত জামিলের অদম্য ও অটল মনোভাব সেদিন মুক্তিযোদ্ধাদের সাহসী যোদ্ধায় রূপান্তর করেছিল। [[নভেম্বর ২৭|২৭ নভেম্বর]] গভীর রাতে অভিযানটি শুরু হয় সেই ঐতিহাসিক অভিযান।হয়। ধানখেতের মধ্য দিয়ে প্রায় ১৫০ জন মুক্তিযোদ্ধা এগিয়ে চললেন পাকিস্তানি সেনাদের অবস্থানের দিকে। সবার সামনে ছিলেন শাফায়াত জামিল ও কোম্পানি অধিনায়ক এস আই নূরুন্নবী খান। পাকিস্তানি সেনাদের অবস্থানের কাছাকাছি গিয়ে তিনি অগ্রসর হলেন বাঁ দিক থেকে এবং এস আই নূরুন্নবী ডান দিক দিয়ে। ক্ষিপ্রতার সঙ্গে গুলি করতে করতে তারা পাকিস্তানি সেনাদের বিভিন্ন বাংকারের দিকে এগিয়ে চললেন। কয়েকটি বাংকারে হাতাহাতি যুদ্ধ হলো। মুক্তিযোদ্ধারা তখন অজেয়, অপ্রতিরোধ্য। প্রচণ্ড আক্রমণের তীব্রতায় কিছুক্ষণের মধ্যেই পাকিস্তানি সেনারা সেখান থেকে পালিয়ে গেল। মাত্র ২০ মিনিটের মধ্যেই ছোটখেল মুক্তিযোদ্ধাদের দখলে চলে এল। নিহত হলো অসংখ্য পাকিস্তানি সেনা। আশপাশে চলছিল বিক্ষিপ্ত গোলাগুলি। চারদিকে মৃত পাকিস্তানি সেনাদের লাশ, অস্ত্রশস্ত্র ও গোলাবারুদ ছড়িয়ে-ছিটিয়ে পড়ে আছে। ভোরের আলোয় শাফায়াত জামিল তদারক করছেন অবস্থান সুদৃঢ় করার কাজ। এমন সময় তার ডান কোমরে গুলি লাগে। ছিটকে পড়েন তিনি, গুরুতর আহত হন। সহযোদ্ধারা তাকে ফিল্ড হাসপাতালে পাঠান।
== যুদ্ধের পরে ==
বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধের পরে, জামিল লেফটেন্যান্ট কর্নেল পদে উন্নীত হন এবং [[বীর বিক্রম]] পদক লাভ করেন। ১৯৭৪ সালে তিনি কর্নেল পদে উন্নীত হন এবং ৪৬ পদাতিক ব্রিগেডের কমান্ডার নিযুক্ত হন । ৩ নভেম্বর, ১৯৭৫ তারিখে তিনি এবং [[খালেদ মোশাররফ]], [[খন্দকার মোশতাক আহমেদ|খন্দকার মোস্তাক আহমদের]] বিরুদ্ধে একটি অভ্যুত্থান ঘটান । ৬ নভেম্বর মোস্তাক রাষ্ট্রপতির পদ থেকে সরে দাঁড়ান এবং বিচারপতি [[আবু সাদাত মোহাম্মদ সায়েম]] তার স্থলাভিসিক্ত হন।<ref>http://www.thedailystar.net/magazine/2007/08/03/perspective.htm</ref> ৭ নভেম্বর এক পাল্টা অভ্যুত্থানে খালেদ মোশাররফকে হত্যা করা হয় এবং কর্নেল জামিল গ্রেফতার হন । জামিল ১৯৮০ সালের ২৬ মার্চ সেনাবাহিনী থেকে অবসরপ্রাপ্ত হন ।
