প্রথমে বিএইসি পাট গবেষণা ইনিস্টিটিউটের ভবনে তাদের কার্যক্রম শুরু করে। এরপর স্থানান্তরিত হয়ে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় ক্যাম্পাসের ৪ কাজী নজরুল ইসলাম এভিনিউতে কার্যক্রম শুরু করে। বাংলাদেশ পরমাণু শক্তি কমিশন বর্তমানে শেরেবাংলা নগরের আগারগাঁও-এ অবস্থিত। ১৯৮৮ সালের পূর্বে প্রতি্ঠিানটিরপ্রতিষ্ঠানটির নাম ছিল, বাংলাদেশ আণবিক শক্তি কমিশন (Bangladesh Molecular Energy Commission), এরপর নাম পরিবর্তন করে রাখা হয়, বাংলাদেশ পরমাণু শক্তি কমিশন। তিনটি শ্রেণীতে বিভক্ত হয়ে পরমানু কমিশন তাদের সকল গবেষণা কার্যক্রম পরিচালনা করে থাকে, ভৌত বিজ্ঞান, জৈব বিজ্ঞান ও প্রকৌশল।<ref name="baec">{{ওয়েব উদ্ধৃতি | ইউআরএল=http://www.baec.org.bd/bangla/baec/baec.php | শিরোনাম=কমিশনের গবেষণা স্থাপনা/প্রতিষ্ঠান | সংগ্রহের-তারিখ=19 জুলাই 2013 | আর্কাইভের-ইউআরএল=https://web.archive.org/web/20130809060138/http://www.baec.org.bd/bangla/baec/baec.php | আর্কাইভের-তারিখ=৯ আগস্ট ২০১৩ | অকার্যকর-ইউআরএল=হ্যাঁ }}</ref>
