ইণ্ডিগো মূলত ২০০৬ সালের প্রথম দিকে ইন্টার গ্লোব এন্টারপ্রাইজ এর রাহুল ভাটিয়া এবং একজন যুক্তরাষ্ট্র প্রবাসী অনিবাসী ভারতীয় নাগরিক রাকেশ গ্যাংয়াল কর্তৃক প্রতিষ্ঠা লাভ করে। ইন্টারগ্লোব ইণ্ডিগোর ৫১.২% শেয়ার অধিগ্রহণ করে এবং গ্যাংয়ালের ভার্জিনিয়া-ভিত্তিক কোম্পানী কেইলাম ইন্ভেস্টমেন্ট কর্তৃক এটার ৪৮% শেয়ার অধিগ্রহনকৃতঅধিগ্রহণকৃত হয়। ২০০৬ সালের মাঝামাঝি উড্ডয়নের কার্যক্রম আরম্ভ করার লক্ষ্যমাত্র নির্ধারণের ফলে জুন ২০০৫ সালে ইন্ডিগো ১০০ টি এ্যায়ারবাস এ৩২০-২০০ বিমান ক্রয়ের জন্য একটি বিশাল অর্ডার প্রদান করে।ক্রয়াদেশ প্রদানের প্রায় এক বছরের মাথায় ২০০৬ সালের ২৮ শে জুন ইণ্ডিগো তাদের প্রথম এ্যায়রবাস এ৩২০-২০০ বিমান গ্রহণ করে এবং ২০০৬ সালের ৪ঠা আগষ্ট পরিবহন<ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|ইউআরএল=http://articles.economictimes.indiatimes.com/2005-06-22/news/27477022_1_rahul-bhatia-indigo-airlines-aircraft |শিরোনাম=IndiGo Airlines to fly soon |প্রকাশক=economictimes.indiatimes.com/ |তারিখ=22 June 2005 |সংগ্রহের-তারিখ=28 October 2015}}</ref> আরম্ভ করে নতুন দীল্লি থেকে [[ইম্ফল]] হয়ে [[গৌহাটি]] যাত্রা করার মাধ্যমে।২০০৬ সালের অন্তে, বিমান সংস্থাটির বহরে বিমান সংখ্যা দাড়ায় ছয়ে।২০০৭ সালে আরো ৯ টি বিমান যোগ হলে সংখ্যা দাড়ায় ১৫টিতে। ২০১০ সালের ডিসেম্বর নাগাদ সরকার নিয়ন্ত্রিত বিমান সংস্থা এ্যায়ার ইন্ডিয়াকে সরিয়ে দেশের শীর্ষ ৩ টি বিমান সংস্থায় পরিনত হয়।তখন কিংফিশার এ্যায়ারলাইন্স এবং জেট এ্যায়ারয়েজ এর পেছনে থেকে মার্কেটের ১৭.৩% শতাংশ ব্যবসার দখল তারা নিয়ে নেয়।২০১২ সাল নাগাদ, ইন্ডিগো মাত্র ৬ বছরের মধ্যে ৫০ তম বিমানটি গ্রহণ করে।২০১১ সালে, ইন্ডিগো ১৮০ টি এ্যায়ারবাস এ৩২০ ১৫বিলিয়ন মার্কিন ডলার খরচে ক্রয়াদেশ প্রদান করে যা ভারতের মোট এ্যায়ারবাস বিমানের ৭৩% শতাংশে পরিনত করে। ২০১২ সাল নাগাদ ইন্ডিগো ভারতের দ্রুত সম্প্রসারনশীল এবং ভারতের একমাত্র লাভজনক বিমান সংস্থাতে পরিনত হয়। কিংফিসার ভারতকে অতিক্রম করে দ্বীতিয় বৃহৎ বিমান সংস্থাতে পরিনত হয় ব্যবসার পরিমাণের দিক দিয়ে।২০১২ সালের ১৭ই আগষ্টে এটা জেট এ্যায়ারয়েজকে অতিক্রম করে ভারতের সর্ববৃহৎ বিমান সংস্থাতে পরিনত হয় মার্কেটের ২৭% বাজার ধরার মাধ্যমে।
