[[বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ|বাংলাদেশের মুক্তিযুদ্ধ]] চলাকালে প্রবাসী বাংলাদেশ সরকার তথা [[১৯৭১ সালের অস্থায়ী বাংলাদেশ সরকার|মুজিবনগর সরকার]] ছয় সদস্যের যে উপদেষ্টা পরিষদ গঠন করেছিল, তাঁদেরতাদের মধ্যে একজন ছিলেন অধ্যাপক মোজাফফর আহমদ।<ref name=a/> উপদেষ্টা কমিটির অন্যান্য সদস্যদের মধ্যে ছিলেন [[আবদুল হামিদ খান ভাসানী|মাওলানা ভাসানী]], [[মণি সিংহ]], [[মনোরঞ্জন ধর]] ও [[খন্দকার মোশতাক আহমেদ|খোন্দকার মোশতাক আহমদ]]।<ref>{{সংবাদ উদ্ধৃতি|ইউআরএল=http://www.prothomalo.com/opinion/article/809866/%E0%A6%85%E0%A6%A7%E0%A7%8D%E0%A6%AF%E0%A6%BE%E0%A6%AA%E0%A6%95-%E0%A6%AE%E0%A7%87%E0%A6%BE%E0%A6%9C%E0%A6%BE%E0%A6%AB%E0%A6%AB%E0%A6%B0-%E0%A6%AC%E0%A6%BE%E0%A6%AE%E0%A6%AA%E0%A6%A8%E0%A7%8D%E0%A6%A5%E0%A6%BE-%E0%A6%93-%E0%A6%B8%E0%A7%8D%E0%A6%AC%E0%A6%BE%E0%A6%A7%E0%A7%80%E0%A6%A8%E0%A6%A4%E0%A6%BE|শিরোনাম=অধ্যাপক মোজাফফর, বামপন্থা ও স্বাধীনতা|শেষাংশ=|প্রথমাংশ=|তারিখ=২৬ মার্চ ২০১৬|কর্ম=|প্রকাশক=সোহরাব হাসান|সংবাদপত্র=প্রথম আলো|ভাষা=বাংলা|ধরন=মতামত সংবাদ|সংগ্রহের-তারিখ=১৫ এপ্রিল ২০১৮|মাধ্যম=}}</ref> তিনি স্বাধীনতার পক্ষে আন্তর্জাতিক সমর্থন আদায়ের লক্ষ্যে বিশ্বের বিভিন্ন দেশে সফর করেন। সে সময় তিনি জাতিসংঘে বাংলাদেশ সরকারের প্রতিনিধিত্ব করেন। মুক্তিযুদ্ধ চলাকালীন ন্যাপ, সিপিবি ও ছাত্র ইউনিয়ন থেকে নিজস্ব উনিশ হাজার মুক্তিযোদ্ধা সংগঠনে অধ্যাপক আহমদের ভূমিকা অবিস্মরণীয়।
