ফয়জুল লতিফ চৌধুরী বাংলা সাহিত্যের বিভিন্ন শাখায় কার্যরত রয়েছেন। সাহিত্য গবেষণা তাঁরতার প্রিয় ক্ষেত্র। তিনি [[জীবনানন্দ দাশ|জীবনানন্দ দাশের]] কবিতা ও অন্যান্য রচনা নিয়ে প্রায় তিন দশক যাবৎ [[গবেষণা]] করে চলেছেন। জীবনানন্দ দাশের কবিতা ইংরেজিতে অনুবাদ এবং আন্তর্জাতিক পর্যায়ে পাঠকের কাছে পৌঁছে দেয়ার ব্যাপারে অগ্রণী ভূমিকা পালন করে চলেছেন। তিনি জীবনানন্দ দাশের স্বহস্তে লিখিত পাণ্ডুলিপির ওপর ভিত্তি করে বিভিন্ন কাব্যগ্রন্থের সঠিক পাঠ নিরূপণ করেছেন। বিশেষ করে [[রূপসী বাংলা]] কাব্যগ্রন্থের বর্জিত অংশ পুনরূদ্ধার করেছেন ও সম্পাদক কর্তৃক সংযোজিত শব্দাবলী বর্জন করে বিশুদ্ধ পাঠ তৈরী করেছেন।
সাহিত্য ছাড়াও তিনি অর্থনীতি এবং ব্যবসায় প্রশাসন নিয়ে গবেষণা করেন ও ছাত্র পড়িয়ে থাকেন। তাঁরতার অন্যতম গ্রন্থ ''করাপ্ট ব্যুরোক্র্যাসি এন্ড প্রাইভেটাইজেশন অব ট্যাক্স ইনফোর্সমেন্ট'' (দুর্নীতির আমলাতন্ত্র এবং শুল্ক আদায় প্রক্রিয়ার বেসরকারিকরণ) দুর্নীতির অর্থনৈতিক ব্যাখ্যা সংবলিত বহুল পঠিত গবেষণাগ্রন্থ। এ গ্রন্থে তিনি দেখিয়েছেন যে কেবল সরকারী খাতেই নয়, বেসরকারী খাতেও দুর্নীতি হয় এবং বেসরকারী খাতের দুর্নীতিবাজরা অধিকতর বেপরোয়া। পরিসংখ্যানের মাধ্যমে তিনি দেখিয়েছেন যে বাংলাদেশে শুল্ক আদায় প্রক্রিয়ার বেসরকারিকরণ করা হলে দুর্নীতির মাত্রা বৃদ্ধি লাভ করেছিল। আমলাতন্ত্রের চারিত্র্য উদঘাটনে তার প্রদত্ত্ব “রেণ্ট সিকিং ব্যুরোক্রাসি”র ধারণা পৃথিবীতে স্বীকৃতি লাভ করেছে। <ref>{{ওয়েব উদ্ধৃতি|ইউআরএল=https://books.google.com.bd/books?id=EOe-99rlnJ0C&pg=PA131&lpg=PA131&dq=corrupt+bureaucracy+and+privatisation+of+tax+enforcement+Chowdhury&source=bl&ots=BqHWcIhyXp&sig=aXOoHNFYju-1-azG3xAwq1xXoc8&hl=bn&sa=X&ved=0ahUKEwjCjNX_yrXbAhUCSI8KHQifDbUQ6AEIYzAJ#v=onepage&q=corrupt%20bureaucracy%20and%20privatisation%20of%20tax%20enforcement%20Chowdhury&f=false}}</ref>
২০১৪ সালে প্রকাশিত হয়েছে তাঁর গবেষণা প্রতিবেদন ‘''চটি সাহিত্যের পূর্ব পশ্চিম''’। বর্তমানে তিনি বাংলা সাহিত্যের অভিধানে অসংকলিত শব্দ নিয়ে গবেষণা করছেন।
