পি সি রায় [[বাংলাদেশ|বাংলাদেশের]] [[খুলনা জেলা|খুলনা জেলার]] [[পাইকগাছা উপজেলা|পাইকগাছা উপজেলার]] রাডুলি গ্রামে ১৮৬১ সালের ২ আগস্ট জন্মগ্রহণ করেন। তিনি মাছিলেন ভূবনমোহিনীভুবনমোহিনী দেবী এবং পিতার হরিশচন্দ্র রায়ের পুত্র। হরিশচন্দ্র রায় স্থানীয় [[জমিদার]] ছিলেন।<ref name="pedia">{{ওয়েব উদ্ধৃতি |ইউআরএল=http://bn.banglapedia.org/index.php?title=%E0%A6%B0%E0%A6%BE%E0%A6%AF%E0%A6%BC,_%E0%A6%AA%E0%A7%8D%E0%A6%B0%E0%A6%AB%E0%A7%81%E0%A6%B2%E0%A7%8D%E0%A6%B2%E0%A6%9A%E0%A6%A8%E0%A7%8D%E0%A6%A6%E0%A7%8D%E0%A6%B0 |শিরোনাম=রায়, প্রফুল্লচন্দ্র}}</ref> বনেদি পরিবারের সন্তান প্রফুল্লচন্দ্র ছেলেবেলা থেকেই সব বিষয়ে অত্যন্ত তুখোড় এবং প্রত্যুৎপন্নমতি ছিলেন।
তারতাঁর পড়াশোনা শুরু হয় বাবার প্রতিষ্ঠিত এম ই স্কুলে। [[১৮৭২]] খ্রিস্টাব্দেখ্রিষ্টাব্দে তিনি [[কলকাতা|কলকাতার]] [[হেয়ার স্কুল|হেয়ার স্কুলে]] ভর্তি হন, কিন্তু [[রক্ত আমাশায়]] রোগের কারণে তারতাঁর পড়ালেখায় ব্যাপক বিঘ্নের সৃষ্টি হয়। বাধ্য হয়ে তিনি নিজ গ্রামে ফিরে যান। গ্রামে থাকার এই সময়টা তারতাঁর জীবনে উল্লেখযোগ্য পরিবর্তনে সাহায্য করেছে। বাবার গ্রন্থাগারে প্রচুর বই পান তিনি এবং বইপাঠ তার জ্ঞানমানসের বিকাশসাধনে প্রভূত সহযোগিতা করে।
