২০১২ সালের ১২ ডিসেম্বর ঢাকাস্থ ইবনে সিনাঢাকায় হাসপাতালে রহমানের ডাকে সাড়া দিয়ে ইহলোক ত্যাগমৃত্যুবরণ করেন। মুত্যুর সময় তাঁর বয়স হয়েছিল ৭০ বছর। মৃতের জানাযার নামায অনুষ্ঠিত হয় ঢাকার জাতীয় ঈদগাহ ময়দানে,যাতে ইমামতি করেন তাঁরই সহপাঠী ও সহকর্মী শাইখুল হাদীস আল্লামা আব্দুল হাই সাহেব দামাত বারাকাতুহুম আর তাতে অংশগ্রহণ করেন লক্ষ লক্ষঅগণিত ধর্মপ্রাণ মুসলমান।<ref name="radioTehran">''[http://bangla.irib.ir/2010-04-21-08-29-09/2010-04-21-08-29-54/item/43546-ঢাকার-লালবাগে-চির-নিদ্রায়-শায়িত-হলেন-মুফতি-আমিনী ঢাকার লালবাগে চির নিদ্রায় শায়িত হলেন মুফতি ফজলুল হক আমিনী]'', রেডিও তেহরান, প্রকাশকাল: ১২ ডিসেম্বর ২০১২ খ্রিস্টাব্দ। পরিদর্শনের তারিখ: ১৪ ডিসেম্বর ২০১২ খ্রিস্টাব্দ।</ref> জানাযা শেষে তাঁর দাফন সম্পন্ন হয় তাঁরই শিক্ষাদানক্ষেত্র ''জামিয়া কোরআনিয়া আরাবিয়া মাদ্রাসা''র শাহী মসজিদের কবরস্থানে।<ref name="pa"/>
