কয়েক বছর আল-জাওয়াহিরি এবং তার পরিবারের ব্যাপারে কোন সংবাদ বের হয়নি। ধারণা করা হয়েছিলো, তাকে বিচারের দণ্ড অনুযায়ী ফাঁসি দেওয়া হয়েছে। কিন্তু, ২০০১ সালের অক্টোবরে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র আফগানে একটি গুহায় পাওয়া একটি মৃতদেহ তার ভাইয়ের কিনা সেটা যাচাই করতে তার [[ডিএনএ]]র নমুনার জন্য অনুরোধ করে।<ref name="hrw"/>
২০০৪ সালের ফেব্রুয়ারিতে আল-শারকুল আওসাত সংবাদপত্র ঘোষণা করে, "তারা নির্ভরযোগ্য সংবাদ পেয়েছে আল-জাওয়াহিরি জীবিত এবং [[তোরা কারাগার|তোরা কারাগারে]] বন্দী আছেন।" এই সংবাদটি ঐ মাসেই মিসরের [[অন্তর্বর্তীকালীন সরকার]] সত্য হিসেবে নিশ্চিত করেন। তিনি এটাও বলেন, "তার পরিবার মার্চে তাকে দেখতে যেতে পারেন।"<ref name="hrw"/> এটা বলা হয়ে থাকে, মিসরের গোয়েন্দা সংস্থা [[মিসরীয় সাধারণ গোয়েন্দা সংস্থা|মুখাবারাতের]] মাধ্যমে তিনি প্রহৃত এবং নির্যাতিত হন। মিসর ঘোষণা করে, তারা তার মোকদ্দমা দেখাশুনা করার জন্য নতুন ট্রাইব্যুনাল গঠন করবে।<ref name="hrw"/>
In February 2004, the [[al-Sharq al-Awsat]] newspaper announced that they had discovered he was still alive and being held in the [[Tora prison]], which was confirmed the following month by the Egyptian [[Ministry of the Interior]], who also stated that he could be visited by his family in March.<ref name="hrw"/> It was alleged that he had been beaten and tortured for nearly five years by the [[Egyptian General Intelligence Service|Mukhabarat]], Egypt's intelligence service. Egypt announced they were re-convening a new tribunal to look at his case.<ref name="hrw"/>
In২০০৬ Julyসালের 2006,জুলাইয়ে lawyerআইনজীবী [[Mamdouhমামদুহ Ismailইসমাইল]] reported about an individual with the alias '''Sharifশরিফ Hazaaহাযা''' ({{lang|ar|شريف هزاع}} ''{{transl|ar|DIN|Šarīf Hazāʿ}})'',whomউপনামধারী heএক believedব্যক্তির toব্যাপারে beপ্রতিবেদন theপেশ alকরেন। যাকে তিনি আল-Zawahiris'জাওয়াহিরির associateসহযোগী [[Abuআবু Ayyubআইয়ুব alআল-Masriমাসরি]]. মনে করেন।<ref>[http://english.aljazeera.net/archive/2006/07/20084101201952853.html "Zarqawi successor 'in Egypt jail'"] al-Jazeera, 6 July 2006</ref><ref>[http://news.bbc.co.uk/2/hi/middle_east/5153364.stm "Iraq al-Qaeda chief jail mystery"] BBC, 6 July 2006</ref> The further fate of alআল-Masriমাসরির conflictsব্যাপারে withঅন্যান্য Ismail'sতথ্য assessment,ইসমাইলের andমূল্যায়নের itসাথে mayমিলে beনা। thatহয়তঃ "Hazaaহাযা" wasমুহাম্মাদ actually Muhammad alআল-Zawahiriজাওয়াহিরিই (orঅথবা someআলবেনিয়া otherফেরত Returneeআইনে fromবন্দীদের Albaniaমধ্য prisonerহতে অন্য কেউ।).
In২০০৭ Aprilসালের 2007,এপ্রিলে heআল-জাওয়াহিরি andএবং otherঅন্যান্য Islamistsইসলামপন্থী pushedসন্ত্রাসবাদ forসম্পর্কে aতাদের reviewপূর্বের ofচিন্তাধারা theirসংশোধন sentencesকরার andউপর soughtভিত্তি [[Commutationকরে ofতাদের sentence|commutation]]দণ্ড basedলঘু onকরার revisingজন্য theirআবেদন previously-heldকরেন। beliefsআইনজীবি in[[মুনতাসির theআল-যায়াত]] necessityআদালতে ofতার terrorism.পক্ষে Heউকালতি was represented by lawyer [[Montasser el-Zayat]].করেন।<ref name="mzlives">[http://www.foxnews.com/story/0,2933,267422,00.html Top Al Qaeda Ideolgue and Zawahiri's Brother to Denounce Violence], [[Associated Press|AP]], 20 April 2007</ref>
