কমিশন প্রাপ্তিরকমিশনপ্রাপ্তির তিনমাস পর তাকে রিসালপুরে আবার ডাকা হয় 'বিমান পোত চালনা প্রশিক্ষক' (নেভিগেশন ইন্সট্রাক্টর) হিসেবে। তিনি এ দায়িত্ব পালনকালে ভারতীয় এবং ব্রিটিশ উভয়দেরকেই বিমানপোত চালনার প্রশিক্ষণ দেন। ১৯৪১ সালের জানুয়ারী মাসে তাকে কোলকাতার 'নং ৩ উপকূল প্রতিরক্ষা ফ্লাইট' এ বদলী করা হয়। দুইমাস পর তাকে পুনরায় বিমানপোত চালনা প্রশিক্ষক হিসেবে আম্বালার নং ১ ফ্লাইং ট্রেনিং স্কুল (উড্ডয়ন প্রশিক্ষণ বিদ্যালয়) এ নিয়োগ দেওয়া হয়। এই আম্বালাতে কর্মরত থাকাকালেই তিনি পূর্ণ বৈমানিক হওয়ার মর্যাদা পান। ১৯৪৩ সালের শুরু দিকে তাকে বিমানপোত চালনা প্রশিক্ষক হিসেবে তো রাখা হয়ই এর সাথে সাথে তিনি উড্ডয়ন প্রশিক্ষক হিসেবেও নিয়োগ পেয়ে যান পেশোয়ারের (বর্তমানে পাকিস্তানে) 'যুদ্ধ প্রশিক্ষণ ইউনিট' (অপারেশনাল ট্রেনিং ইউনিট) এ। ১৯৪৩ সালের অক্টোবর মাসে প্রতাপ নং ৭ স্কোয়াড্রনে যোদ্ধা বৈমানিকের মর্যাদা পেয়ে যান। যদিও এই স্কোয়াড্রনটি ১৯৪৪ সালের ফেব্রুয়ারী মাসের আগে যুদ্ধে নামেনি। ফেব্রুয়ারী ১৯৪৪ সাল এবং মার্চ ১৯৪৫ পর্যন্ত নং ৭ স্কোয়াড্রন এবং ১ স্কোয়াড্রন বার্মা ফ্রন্টে খুবই সক্রিয় ছিলো। এই সময়ের মধ্যে প্রতাপ মোট ২১০ ঘণ্টা উড্ডয়ন করেন এবং যুদ্ধ শেষে স্কোয়াড্রন লিডার পদবী লাভ করেন। ১৯৪৬ সালে তিনি বিমান বাহিনীর 'স্থায়ী কমিশন্ড পদ' লাভ করেন।<ref>http://www.bharat-rakshak.com/IAF/Personnel/Chiefs/257-PC-Lal.html</ref> এই ১৯৪৬ সালেই প্রতাপ উইং কমান্ডার পদবী লাভ করেন এবং কোলকাতাতে আন্তঃবাহিনী সৈনিক নিয়োগ কার্যালয়ের দায়িত্ব নেন। এই দায়িত্বের পাঁচ মাস পর প্রতাপ যুক্তরাজ্য যান সিনিয়র কমান্ডার্স কোর্স করতে এবং কোর্স শেষে ভারতে ফিরে এসে তিনি গ্রুপ ক্যাপ্টেন পদবীতে উন্নীত হন এবং ১৯৪৭ সালে বিমান বাহিনী সদর দপ্তরে বদলী হন পরিকল্পনা এবং প্রশিক্ষণ পরিদপ্তরের পরিচালক হিসেবে। ১৯৪৮ সালে গ্রুপ ক্যাপ্টেন [[অর্জন সিংহ]]কে তিনি এই দায়িত্ব বুঝিয়ে দিয়ে ১৯৪৯ সালের মে মাসে আবার যুক্তরাজ্যে যান 'এয়ার স্টাফ কোর্স' করতে এবং ১৯৫০ সালের জুনে ভারতে এসেই এয়ার কমোডোর পদে পদোন্নতি লাভ করেন। ১৯৬৩ সালের ২৪শে নভেম্বর এয়ার ভাইস মার্শাল পদবীতে প্রতাপ ওয়েস্টার্ন এয়ার কমান্ডের অধিনায়ক হন; ১৯৬৪ সালের ১ই অক্টোবর তাকে বিমান বাহিনী সদর দপ্তরে উপ বিমান বাহিনী প্রধানের দায়িত্ব দেওয়া হয়। ১৯৬৫ সালের পাকিস্তানের সঙ্গে যুদ্ধে প্রতাপের পরিকল্পনার জন্য ভারত সরকার তাকে পদ্মভূষণ পদকে ভূষিত করে। যুদ্ধের পর প্রতাপ এয়ার মার্শাল পদবীতে উন্নীত হন এবং ট্রেনিং কমান্ডের অধিনায়কের দায়িত্ব পান। ১৯৬৬ সালের শেষের দিকে প্রতাপ হিন্দুস্তান এ্যারোনেটিক্স লিমিটেড এর ম্যানেজিং ডাইরেক্টর হন। ১৬ জুলাই ১৯৬৯ তারিখে প্রতাপ এয়ার চীফ মার্শাল [[অর্জন সিংহ]]র পদে অর্থাৎ বিমান বাহিনীর প্রধান কর্মকর্তা পদে আসীন হন।
