[[১৯৫০]] সালেই গাফফার চৌধুরীর কর্মজীবন পরিপূর্ণভাবে শুরু হয়। এ সময়ে তিনি 'দৈনিক ইনসাফ' পত্রিকায় সাংবাদিক হিসেবে কর্মজীবন শুরু করেন। তখন বেতন পেতেন ৭০ টাকা। মহিউদ্দিন আহমদ ও কাজী আফসার উদ্দিন আহমদ তখন "দৈনিক ইনসাফ" পরিচালনা করতেন। [[১৯৫১]] সালে '[[দৈনিক সংবাদ]]' প্রকাশ হলে গাফফার চৌধুরী সেখানে অণুবাদকেরঅনুবাদকের কাজ নেন। জুনিয়র ট্রান্সলেটর হিসেবে মাসিক বেতন পেতেন ১শ' টাকা। এরপর তিনি বহু পত্রিকার সঙ্গে যুক্ত হন। [[১৯৫৩]] সালে মোহাম্মদ নাসিরউদ্দীনের '[[মাসিক সওগাত]]' পত্রিকার ভারপ্রাপ্ত সম্পাদক হন গাফফার চৌধুরী। এসময় তিনি 'মাসিক নকীব'ও সম্পাদনা করেন। একই বছর তিনি আবদুল কাদির সম্পাদিত 'দিলরুবা' পত্রিকারও ভারপ্রাপ্ত সম্পাদক হন। [[১৯৫৬]] সালে [[দৈনিক ইত্তেফাক|দৈনিক ইত্তেফাকের]] সহকারী সম্পাদক নিযুক্ত হন। ওই বছরই তিনি প্যারামাউন্ট প্রেসের সাহিত্য পত্রিকা 'মেঘনা'র সম্পাদক হন। [[১৯৫৮]] সালে আবদুল গাফফার চৌধুরী দৈনিক ইত্তেফাকের সম্পাদক [[তোফাজ্জল হোসেন মানিক মিয়া|তোফাজ্জল হোসেন মানিক মিয়ার]] রাজনৈতিক পত্রিকা 'চাবুকের সম্পাদক হিসেবে দায়িত্ব পান। কিন্তু কিছুদিন পর সামরিক শাসন চালু হলে সেটা বন্ধ হয়ে যায়। এরপর তিনি মওলানা আকরম খাঁ'র 'দৈনিক আজাদ'-এ সহকারী সম্পাদক পদে যোগ দেন। এ সময়ে তিনি মাসিক 'মোহাম্মদীর'ও স্বল্পকালীন সম্পাদক হয়েছিলেন। [[১৯৬২]] সালে তিনি দৈনিক 'জেহাদ'-এ বার্তা সম্পাদক পদে যোগ দেন। [[১৯৬৩]] সালে তিনি সাপ্তাহিক 'সোনার বাংলা'র সম্পাদক হন। পরের বছর [[১৯৬৪]] সালে সাংবাদিকতা ছেড়ে দিয়ে ব্যবসায় নামেন এবং অণুপম মুদ্রণ' নামে একটি ছাপাখানা প্রতিষ্ঠা করেন। দু'বছর পরই আবার ফিরে আসেন সাংবাদিকতায়। [[১৯৬৬]] সালে [[ছয় দফা আন্দোলন|৬ দফা আন্দোলনের]] মুখপাত্র হিসেবে 'দৈনিক আওয়াজ' বের করেন। সেটা বছর দুয়েক চলেছিল। [[১৯৬৭]] সালে আবার তিনি 'দৈনিক আজাদ'-এ ফিরে যান সহকারী সম্পাদক হিসেবে। [[১৯৬৯]] সালে পত্রিকাটির মালিকানা নিয়ে সহিংস বিবাদ শুরু হলে তিনি আবার যোগ দেন দৈনিক ইত্তেফাকে'। ১৯৬৯ সালের পয়লা জানুয়ারি ইত্তেফাক সম্পাদক মানিক মিয়া মারা গেলে তিনি আগস্ট মাসে হামিদুল হক চৌধুরীর অবজারভার গ্রুপের দৈনিক 'পূর্বদেশ'-এ যোগ দেন। [[১৯৭১]] সালে [[মুক্তিযুদ্ধ]] শুরু হলে সপরিবারে সীমান্ত পাড়ি দিয়ে আগরতলা হয়ে [[কলকাতা]] পৌঁছান। সেখানে মুজিবনগর সরকারের মুখপাত্র 'সাপ্তাহিক 'জয়বাংলা'য় লেখালেখি করেন। এসময় তিনি কলকাতায় 'দৈনিক আনন্দবাজার' ও 'যুগান্তর' পত্রিকায় কলামিস্ট হিসেবে কাজ করেন। [[১৯৭২]] সালে বাংলাদেশ স্বাধীন হওয়ার পর 'দৈনিক জনপদ' বের করেন। [[১৯৭৩]] সালে তিনি [[শেখ মুজিবুর রহমান|বঙ্গবন্ধুর]] সঙ্গে আলজিয়ার্সে ৭২ জাতি জোট নিরপেক্ষ সম্মেলনে যান। দেশে ফেরার পর তার স্ত্রী গুরুতর রোগে আক্রান্ত হলে তাকে চিকিৎসার জন্য প্রথমে [[কলকাতা]] নিয়ে যান। সেখানে সুস্থ না হওয়ায় তাকে নিয়ে [[১৯৭৪]] সালের অক্টোবর মাসে লন্ডনের উদ্দেশ্যে পাড়ি জমান। এরপর তাঁর প্রবাস জীবনের ইতিহাস শুরু হয়। বিলেত যাওয়ার পর প্রথম দিকে তিনি বিভিন্ন গ্রোসারি দোকানে কাজ করেন। এরপর [[১৯৭৬]] সালে তিনি 'বাংলার ডাক' নামে এক সাপ্তাহিক পত্রিকার সম্পাদনা করেন। 'সাপ্তাহিক জাগরণ' পত্রিকায়ও তিনি কিছুদিন কাজ করেছেন। [[১৯৮৭]] সালের সেপ্টেম্বর মাসে তিনি সাতজন অংশীদার নিয়ে 'নতুন দিন' পত্রিকা বের করেন। এরপর [[১৯৯০]] সালে 'নতুন দেশ' এবং [[১৯৯১]] সালে 'পূর্বদেশ' বের করেন। প্রবাসে বসে এখনও গাফফার চৌধুরী বাংলাদেশের প্রধান পত্রিকাগুলোতে নিয়মিত লিখে যাচ্ছেন। বাংলাদেশের শীর্ষ দৈনিকগুলোতে প্রকাশিত আবদুল গাফফার চৌধুরীর রাজনীতি, সমসাময়িক ঘটনা ও আন্তর্জাতিক বিষয়াবলী নিয়ে লেখা কলাম অত্যন্ত জনপ্রিয়।<ref>[http://www.banglanews24.com/detailsnews.php?nssl=f382a08ded2ebbfbe9a9651630eb8ce7&nttl=2011121205063474006 জন্মদিনে বিশেষ নিবন্ধ]</ref> বাংলাদেশে তিনি আওয়ামী লীগ পন্থী কলামিস্ট হিসাবে পরিচিত এবং সমালোচিত। বাংলাদেশ আওয়ামী লীগের একনিষ্ঠ প্রচারক হিসাবে তিনি রাজনৈতিক বিষয়াবলী ব্যাখ্যা করে থাকেন।
