শহরের নামকরণ সম্পর্কে প্রকৃত তথ্য জানা যায়নি। দশম শতাব্দীতে আরবের ভৌগলিকগণ শহরটিকে আন্দুকান, আন্দুগান বা আন্দিগান নামে পরিচিতি ঘটিয়েছেন।<ref>{{cite book|last=Pospelov|first=E. M.|title=Geographical Names of the World. Toponymic Dictionary|year=1998|publisher=Russkie slovari|location=Moscow|isbn=5-89216-029-7|page=36|language=Russian}}</ref> প্রচলিত তথ্য অনুযায়ীঅণুযায়ী তুর্কি উপজাতীয় আন্দি বা আদক/আজক নাম থেকে এ শহরের নামকরণ হয়েছে।<ref name="OʻzME">{{cite encyclopedia | year = 2000–2005 | title = Andijon | last = Ziyayev | first = Baxtiyor | encyclopedia = Oʻzbekiston milliy ensiklopediyasi | publisher = Oʻzbekiston milliy ensiklopediyasi | location = Toshkent | language = Uzbek | id =}}</ref>
অষ্টাদশ শতকে কোকান্দের খানাতে গঠন করা হলে আন্দিজান থেকে কোকান্দে রাজধানী স্থানান্তর করা হয়। ঊনবিংশ শতকের মধ্যভাগে রুশ সাম্রাজ্য মধ্য এশিয়ার দেশগুলো নিজেদের করায়ত্ত্ব করে। ১৮৭৬ সালে রুশরা কোকান্দের খানাতেসহ আন্দিজান দখল করে।
৮৩ নং লাইন:
১৯৯০-এর দশকে আন্দিজান ও তার আশেপাশের এলাকায় রাজনৈতিক অস্থিতিশীলতা শুরু হয়। দারিদ্রতা ও ইসলামী মৌলবাদীদের কার্যক্রমে এ অঞ্চলে দুঃসহ পরিবেশের সৃষ্টি করে। এছাড়াও, ১৯৯১ সালে সোভিয়েত ইউনিয়নের পতনের পর গুরুতর অর্থনৈতিক ধাক্কা লাগে।
১৩ মে, ২০০৫ তারিখে জীবনযাত্রার মানের অধঃপতন ও সরকারের দুর্নীতির বিরুদ্ধে বিক্ষোভ করলে উজবেকিস্তানের সেনাবাহিনী অগণিত লোককে হত্যা করে যা [[Andijan massacre|আন্দিজান গণহত্যা]] নামে বৈশ্বিক অঙ্গনেঅঙ্গণে পরিচিতি পায়।<ref name=OSCE>{{cite web|title=Preliminary findings on the events in Andijan, Uzbekistan, 13 May 2005|url=http://www.osce.org/odihr/15653?download=true|work=Organisation for Security and Co-operation in Europe|accessdate=7 April 2014|location=Warsaw|date=20 June 2005}}</ref><ref name=Documenting>{{cite web|last=Beehner|first=Lionel|title=Documenting Andijan|url=http://www.cfr.org/uzbekistan/documenting-andijan/p10984#6|work=Council on Foreign Relations|accessdate=7 April 2014|date=June 26, 2006}}</ref><ref name=Burnashev>{{cite journal|last=Burnashev|first=Rustam|author2=Irina Chernykh|title=Changes in Uzbekistan's military policy after the Andijan Events|journal=China and Eurasia Forum Quarterly|volume=5|issue=I|pages=67–73}}</ref> সরকারের পক্ষ থেকে ১৮৭জনের কথা বলা হলেও তা কয়েকশত ছিল।<ref name=OSCE/><ref>{{cite web|last=Usmanova|first=Dilya|title=Uzbekistan: Andijan - A policeman's account|url=http://reliefweb.int/report/uzbekistan/uzbekistan-andijan-policemans-account|work=Institute for War and Peace Reporting|accessdate=7 April 2014}}</ref> নিহতদের অনেককে গণকবরে সমাহিত করা হয়।<ref>{{cite web|title=The Andijan massacre a year after|url=http://www.jrn.columbia.edu/studentwork/radio/175/2006-05-05/361.asp|work=Columbia Radio News|accessdate=7 April 2014|archiveurl=https://web.archive.org/web/20070610015311/http://www.jrn.columbia.edu/studentwork/radio/175/2006-05-05/361.asp|archivedate=20 Aug 2013|date=10 June 2007}}</ref> এ ঘটনাকে উজবেক সরকার দেশে অস্থিতিশীলতা আনয়ণকল্পে ইসলামী আন্দোলনকারীদের ও বিক্ষোভকারীদেরকে [[Hizb ut-Tahrir|হিজব উত-তাহিরি’র]] কাজ হিসেবে আখ্যায়িত করে।<ref name=HTIDEN>{{cite web|title=Border situation between Uzbekistan, Kyrgyzstan returns to normal|url=http://reliefweb.int/report/uzbekistan/border-situation-between-uzbekistan-kyrgyzstan-returns-normal|work=ReliefWeb|accessdate=7 April 2014|date=26 May 2005}}</ref>
