ইলেটের গভর্নমেন্ট হাই স্কুলে নবম শ্রেণীশ্রেণি পর্যন্ত অধ্যয়ন করেন। পিতার বদলীরবদলির চাকরি হওয়ায় মুজতবা আলীর প্রাথমিক শিক্ষাজীবন কাটে বিভিন্ন শিক্ষা প্রতিষ্ঠানে। [[১৯২১]] সালে তিনি [[শান্তিনিকেতন|শান্তিনিকেতনে]] ভর্তি হন। তিনি ছিলেন [[বিশ্বভারতী|বিশ্বভারতীর]] প্রথমদিকের ছাত্র। এখানে তিনি [[সংস্কৃত]], [[ইংরেজি]], [[আরবীআরবি]], [[ফার্সি]], [[হিন্দীহিন্দি]], [[গুজরাটি]], [[ফরাসি ভাষা|ফরাসি]], [[জার্মান ভাষা|জার্মান]] ও [[ইতালীয় ভাষা|ইতালীয়]] ভাষাশিক্ষা লাভ করেন। [[১৯২৬]] খ্রিষ্টাব্দে এখান থেকে বি.এ. ডিগ্রীডিগ্রি অর্জন করেন। এরপর তিনি [[আলিগড় বিশ্ববিদ্যালয়|আলিগড় বিশ্ববিদ্যালয়ে]] অধ্যয়ন করেন। অতঃপর দর্শনশাস্ত্র পড়ার জন্য বৃত্তি নিয়ে [[জার্মানি|জার্মানির]] [[বন বিশ্ববিদ্যালয়|বন বিশ্ববিদ্যালয়ে]] যান। তুলনামূলক ধর্মতত্ত্বে গবেষণার জন্য তিনি ডি.ফিল লাভ করেন [[১৯৩২]] খ্রিষ্টাব্দে। [[১৯৩৪]]-[[১৯৩৫]] খ্রিষ্টাব্দে তিনি [[মিশর|মিশরে]] [[কায়রো|কায়রোর]] [[আল আজহা বিশ্ববিদ্যালয়|আল আজহার বিশ্ববিদ্যালয়ে]] পড়াশোনা করেন।
