যুদ্ধ শুরুর আগের অসহযোগ আন্দোলনে তিনি সমর্থন দেন। পাকাস্তান বাহিনীর আক্রমণ শুরু হলে হবিগঞ্জ পুলিশের অস্ত্র সাধারণ মানুষের মধ্যে বিতরণ করে প্রতিরোধ গড়ে তোলেন এবং মুক্তিযুদ্ধে অনুপ্রাণিত করেন। যোগান দেবার সিদ্ধান্ত নেন। [[মুজিবনগর সরকার]] তখনো প্রতিষ্ঠিত না হওয়ায় অনেক সরকারীসরকারি কর্মচারীই লিখিত অনুমতি ছাড়া অস্ত্র যোগান দিতে অস্বীকৃতি জানান। ফলে আকবর আলী খান নিজ হাতে লিখিত আদেশ তৈরি করে মুক্তিযোদ্ধাদের অস্ত্র, খাদ্য ও অর্থ যোগান দেবার আদেশ প্রদান করেন। তিনি স্বাধীন বাংলাদেশের জন্য তহবিল তৈরি করতে ব্যাংকের ভল্ট থেকে প্রায় তিন কোটি টাকা উঠিয়ে ট্রাকে করে আগরতলায় পৌছে দেন। তিনি মুক্তিযোদ্ধাদের খাদ্য যোগান দেবার জন্য গুদামঘর খুলে দেন এবং পরবর্তীতে [[আগরতলা]]য় চলে যান। আগরতলায় যাওয়ার পর সহযোগীদের নিয়ে তিনি একটি পূর্বাঞ্চলীয় প্রশাসন গড়ে তোলার চেষ্টা করি যার লক্ষ্য ছিল মুক্তিযোদ্ধাদের সহায়তা করা এবং একই সঙ্গে উদ্বাস্তু শিবিরে যারা আশ্রয় নিয়েছিল সেই শরণার্থীদের সহায়তা করা। প্রথমদিকে তাদের প্রচেষ্টা ছিল স্বনির্ভর। এপ্রিলে মুজিবনগর সরকার গঠিত হবার পর মে মাসে তিনি যোগাযোগ শুরু করেন। জুলাই মাসে (১৯৭১) তাকে সরকারে যোগ দেবার জন্য [[কলকাতা|কলকাতায়]] যেতে বলা হয় এবং সেখানে তিনি মন্ত্রীপরিষদ বিভাগে ডেপুটি সেক্রেটারি বা [[উপসচিব]] হিসাবে পদস্থ হন। আগস্ট মাসে তাকেঁ উপসচিব হিসাবে প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ে বদলী করা হয়। ১৬ ডিসেম্বর স্বাধীনতা লাভ অবধি তিনি এই পদেই চাকুরি করেছেন।
