===গৃহযুদ্ধ এবং পুনর্গঠন (১৮৬১-১৮৯১)<ref>Hollis, Daniel Walker (1956). University of South Carolina II. University of South Carolina Press.</ref>===
১৮৬২ সালের জানুয়ারি মাসে কনফেডারেট সরকার তাদের সৈন্যসংখ্যা ১৮,০০০-এ উন্নীত করার লক্ষ্য নিয়ে ১৮ থেকে ৪৫ বছর বয়স্ক সকল ছাত্রকে সেনাবাহিনীতে যোগদানের আহবান জানায়। ২০শে মার্চ ক্যাম্পাসে অবস্থানরত সকল ছাত্রকে ব্জোরপূর্বক সেনাবাহিনীতে যুক্ত করার দিন ধার্য করা হয়। অপ্রীতিকর পরিস্থিতি এড়াতে ৮ই মার্চ সকম ছাত্র স্বেচ্ছায় সেনাবাহিনীতে যোগদান করতে সম্মত হয়। ছাত্র-স্বল্পতার কারণে কলেজ সাময়িকভাবে বন্ধ ঘোষণা করা হয়। ১৭ই মার্চ অনূর্ধ্ব ১৮ বছর বয়সী ছাত্রদের জন্য কলেজ পুনরায় খোলা হয়, কিন্তু মাত্র ৯ জন ছাত্র ক্লাসে যোগদান করে। ২৫শে জুন রাজ্য সরকারের অনুমতিক্রমে কনফেদারেটকনফেডারেট সরকার কলেজ ভবনগুলো অধিগ্রহণ করে এবং হাসপাতাল হিসেবে ব্যবহার শুরু করে। কলেজের ছাত্রেরা কলেজটিকেসেনাবাহিনীতে পুন্রায়যোগদান চালুকরলে করারকলেজটি জন্যছাত্র-স্বল্পতার বারবারসম্মুখীন চেষ্টা করে ব্যর্থ হয়েহয়। কলেজ কর্তৃপক্ষ ১৮৬৩ সালের ২ ডিসেম্বর আনুষ্ঠানিকভাবে কলেজটি বন্ধ ঘোষণা করেন।
১৮৬৫ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে ইউনিয়ন সেনাবাহিনী কলাম্বিয়া এসে পৌঁছায়,তবে হাসপাতাল হিসেবে ব্যবহারের কারণে কলেজ ভবনগুলোর কোন ক্ষতিসাধন করা হয়নি।এবং ২৪শে মে ইউনিয়ন বাহিনী কলেজটিরকলেজটি অধিগ্রহণ করে। অনিশ্চিত ভবিষ্যত সত্ত্বেও ১৯শে জুন ইউনিয়ন বাহিনীর জেনারেল জন পোর্টার হ্যাচ কলেজটি যথাশীঘ্র পুন্রায় চালু করার আহবান জানিয়ে এর প্রাক্তন অধ্যাপকদের চিঠি দেন। ৩০শে জুন সাউথ ক্যারোলাইনার ভারপ্রাপ্ত গভর্নর হয়ে আসেন বেঞ্জামিন ফ্র্যাঙ্কলিন পেরি, যিনি কলেজ ক্ররতৃপক্ষকে পুনর্বহাল করেন। সাউথ ক্যারোলাইনার দারিদ্র্যমোচনের জন্য তিনি বিশ্ববিদ্যালয় শিক্ষার প্রয়োজনীয়তা বোধ করেন এবং রাজ্যসভার প্রতিনিধিদের সাথে এব্যাপারে যোগাযোগ করেন। ১৮৬৫ সালের ১৯শে ডিসেম্বর রাজ্যের সাধারণ সভায় ইউনিভার্সিটি অফ সাউথ ক্যারোলাইনা প্রতিষ্ঠার জন্যে বিল পাশ হয়।
১৮৬৮ সালে দ্যাডিকেলর্যাডিকেল রিপাবলিকানেরা রাজ্য সরকার গঠন করার পর বিশ্ববিদ্যালয়টিকে নতুনভাবে ঢেলে সাজানো হয় এবং এক্ষেত্রে র্যাডিকেলদের রাজনৈতিক ও সামাজিক মতবাদের সুস্পষ্ট প্রতিফলন লক্ষ্য করা যায়। গভর্নরের বিরোধিতা সত্ত্বেও ১৮৬৯ সালে বিশ্ববিদ্যালয়ের দরজা গাত্রবর্ণ নির্বিশেষে সকলের জন্য উন্মুক্ত করে দেওয়া হয়। ১৮৭৩ সালের ৭ই অক্টোবর হেনরি ই হাইনে (পরবর্তীতে সাউথ ক্যারোলাইনার স্টেট সেক্রেটারি) প্রথম কালো শিক্ষার্থী হিসেবে বিশ্ববিদ্যালয়ে যোগ দেন। এর প্রতিবাদে তিনজন অধ্যাপক চাকুরিতে ইস্তফা দেন, প্রায় সকল ছাত্র ক্লাস বর্জন করে। এসময় ছাত্রসংখ্যা ৮-এ নেমে আসে, যাদের অধিকাংশই ছিলেন অধ্যাপকদের সন্তান। ছাত্রসংখ্যা বাড়ানোর জন্য হাওয়ার্ড বিশ্ববিদ্যালয় থেকে কিছু ছাত্রকে সাউথ ক্যারোলাইনাতে নিয়ে আসা হয়। এ ছাড়া ভর্তিচ্ছুদের বিনা বেতনে অধ্যয়নের সুযোগ দেওয়া হয় এবং একটি বিশেষ বৃত্তি (২০০ ইউএস ডলার) ঘোষণা করে বিল পাশ হয়। বৃত্তিপ্রাপ্ত অনেক ছাত্রেরই বিশ্ববিদ্যালয়ে ভর্তির যোগ্যতা ছিল না; তাদের জন্য পৃথক প্রস্তুতিমূলক ক্লাসের ব্যবস্থা করা হয়, যা ১৮৭৫ সাল পর্যন্ত চালু ছিল। ছাত্রসংখ্যা বৃদ্ধির এসব উদ্যোগ রক্ষণশীল মহলের ব্যাপক বিদ্রুপের শিকার হয়।
র্যাডিকেল রিপাবলিকানদের সংস্কারবাদী কার্যকলাপের বিরুদ্ধে যুক্ত্রাষ্ট্রের দক্ষিণে চরমপন্থী সাদা-আধিপত্যবাদী কিছু গোষ্ঠী (ডেমোক্র্যাট পার্টির অতি-রক্ষণশীল অংশ) মাথাচাড়া দিয়ে ওঠে। এরা সমষ্টিগতভাবে রিডিমার বা পরিত্রাতা নামে পরিচিত ছিল। পুনর্গঠন-পরবর্তী ইউনিভার্সিটি অফ সাউথ ক্যারোলাইনা (যার ৯০% ছাত্রই ছিল কালো) তাদের রোষের শিকার হয়। ১৮৭৬ সালের নির্বাচনে ডেমোক্র্যাট পার্টি বিজয়ী হলে রিডিমারদের উদ্যোগে ১৮৭৭ সালের ৭ই জুন বিশ্ববিদ্যালয়টি বন্ধ করে দেওয়া হয়। পরের বছর মার্চ মাসে বিশ্ববিদ্যালয়টিকে পুন্রায় চালু করার উদ্যোগ গৃহীত হয়। তবে এবার সাদা এবং কালো শিক্ষার্থীদের জন্য দুইটি পৃথক কলেজ সৃষ্টির প্রস্তাব উত্থাপিত হয়। ফলশ্রুতিতে ইউনিভার্সিটি অফ সাউথ ক্যারোলাইনা সাদা ছাত্রদের জন্য সাউথ ক্যারোলাইনা কৃষি ও কারিগরি কলেজ (South Carolina College of Agriculture and Mechanical Arts) হিসেবে আত্মপ্রকাশ করে। অপরদিকে কালো শিক্ষার্থীদের জন্য কলাম্বিয়া থেকে দূরে অরেঞ্জবার্গে ক্ল্যাফলিন কলেজ নামক একটি পৃথক শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান তৈরি করা হয়।
