১৬ সেপ্টেম্বর, তিন মাসের মধ্যে দ্বিতীয়দ্বিতীয়বারের বারমত [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনা]] মেসির সাথে তাদের চুক্তি নবায়ন করে। এসময় মূল দলের খেলোয়াড় হিসেবে তারমেসির বেতনপারিশ্রমিক বাড়ানো হয় এবং চুক্তির মেয়াদ বাড়িয়ে ২০১৪ সাল পর্যন্ত করা হয়। ২০০৫ সালের ২৬ সেপ্টেম্বর, মেসিকে [[স্পেন|স্পেনের]] নাগরিকত্ব দেওয়া হয়,<ref>{{cite news|url=http://thestar.com.my/sports/story.asp?file=/2005/9/28/sports/12165057&sec=sports|title=Good news for Barcelona as Messi gets his Spanish passport|work=The Star|publisher=The Star|date=২৮ মে ২০০৫|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২}}</ref> এবং তিনি [[লা লিগা|লা লিগায়]] খেলার যোগ্যতা অর্জন করেন। ২৭ সেপ্টেম্বর, মেসি ঘরের মাঠে ইতালিয়ান ক্লাব উদিনেসের বিপক্ষে তার প্রথম চ্যাম্পিয়ন্স লীগের খেলায় মাঠে নামেন।<ref name="footballdb">{{cite news|url=http://www.footballdatabase.com/index.php?page=player&Id=222&b=true|title=Lionel Andres Messi — FCBarcelona and Argentina|publisher=Football Database|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২}}</ref> মেসি যখন মাঠে নামেন তখন [[ক্যাম্প ন্যু]]-এর দর্শকগন তাকে দাড়িয়ে অভ্যর্থনা জানান।
মেসি ১৭টি [[ল লিগা|লা লিগার]] খেলায় ৬টি৬ গোল এবং ৬টি চ্যাম্পিয়ন্স লীগের খেলায় ১টি১ গোল করেন। ২০০৬ সালের ৭ মার্চ, [[চেলসি ফুটবল ক্লাব|চেলসির]] বিপক্ষে চ্যাম্পিয়ন্স লীগের দ্বিতীয় পর্বের দ্বিতীয় লেগের খেলায় মেসির ডান উরুর পেশী ছিঁড়ে যায়। ফলে সেসমই তাকে মৌসুমের ইতি টানতে হয়।<ref>{{cite news|url=http://soccernet.espn.go.com/news/story?id=366008&cc=3436|title=Frustrated Messi suffersanother injury setback|publisher=ESPN Soccernet|date=২৬ এপ্রিল ২০০৬|accessdate=২৮ জানুয়ারি ২০১৩}}</ref> ঐ মৌসুমে [[ফ্রাংক রাইকার্ড|রাইকার্ডের]] [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনা]] স্পেন এবং ইউরোপের চ্যাম্পিয়ন হিসেবে মৌসুম শেষ করে।<ref>{{cite news|url=http://www.independent.co.uk/sport/football/premier-league/arsenal-1-barcelona-2-barcelona-crush-heroic-arsenal-in-space-of-four-brutal-minutes-478659.html|title=Arsenal 1 Barcelona 2: Barcelona crush heroic Arsenal in space of four brutal minutes|last=Wallace|first=Sam|work=The Independent|location=Paris|date=১৮ মে ২০০৬|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২}}</ref><ref>{{cite news|url=http://news.bbc.co.uk/sport2/hi/football/europe/4970966.stm|title=Barca retain Spanish league title|publisher=BBC Sport|date=৩ মে ২০০৬|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২}}</ref>
