মেসি ২০০০- থেকে ২০০৩ সালেসাল পর্যন্ত [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনার]] যুব একাডেমীর ইনফান্টিল বি এবং ক্যাডেট বি ও এ দলে খেলেছেন। এসময় তিনি ৩০ ম্যাচে ৩৭ গোল করেন। ২০০৩-২০০৪২০০৩–২০০৪ মৌসুমে মেসি পাঁচটি দলে খেলেছেন।<ref>{{cite web|author=Sandra Sarmiento&Jaume Marcet|url= http://www.fcbarcelona.com/web/english/noticies/futbol/temporada09-10/09/n090918106812.html|title=From 'Infantil B' to World number one|date=১৮ 18 September 2009সেপ্টেম্বর ২০০৯| publisher=FC FCBarcelona.com Barcelona|accessdate =29২৯ Decemberডিসেম্বর 2012২০১২}}</ref> তিনি জুভেনিল বি দলে খেলে ১টি গোল করেন এবং জুভেনিল এ দলে খেলার সুযোগ লাভ করেন। সেখানে তিনি ১৪ ম্যাচে ২১ গোল করেন। ২০০৩ সালের ২৯ নভেম্বর, বার্সেলোনা সি দলে এবং ২০০৪ সালের ৬ মার্চ, বার্সেলোনা বি দলে তাঁরতার অভিষেক হয়। বার্সেলোনা সি দলের হয়ে এই মৌসুমে মেসি ১০ ম্যাচে ৫ গোল এবং বার্সেলোনা বি দলের হয়ে ৫ ম্যাচে শূন্য গোল করেন।<ref name="barcaBC">{{cite news|url=http://hemeroteca.elmundodeportivo.es/preview/2004/03/08/pagina-12/766444/pdf.html?search=Messi|title=Leonel Messi, el prototipo del jugador total|accessdate=29 December২৯ 2012ডিসেম্বর ২০১২|language=Spanishস্পেনীয়}}</ref><ref>{{cite news|url=http://hemeroteca.elmundodeportivo.es/preview/2003/11/29/pagina-46/563828/pdf.html?search=Messi|title=Messi debuta en elBarça C en el derbifrente al Europa|accessdate=29 December২৯ 2012ডিসেম্বর ২০১২|language=Spanishস্পেনীয়}}</ref><ref>{{cite news|url=http://hemeroteca.elmundodeportivo.es/preview/2005/08/26/pagina-13/765467/pdf.html?search=Messi|title=Messi estará en el stage de Peralada|accessdate=29 December২৯ 2012ডিসেম্বর ২০১২|language=Spanishস্পেনীয়}}</ref> এই দুই দলে অভিষেকের পূর্বে মেসির অফিসিয়ালদাপ্তরিক অভিষেক হয়েছিল ২০০৩ সালের ১৬ নভেম্বর, [[ফুটবল ক্লাব দু পোর্তো|পোর্তোর]] বিপক্ষে একটি প্রীতি ম্যাচে।খেলায়। সেসময় তাঁর বয়স হয়েছিল ১৬ বছর এবং ১৪৫ দিন।<ref name="footballdb"/><ref>{{cite news|url=http://edition.cnn.com/2009/SPORT/football/05/22/messi.football.best.world/index.html|title=Profile: Lionel Messi|author=Tutton, Mark and Duke, Greg|publisher=CNN|date=২২ 22 May 2009মে ২০০৯|accessdate=29২৯ Decemberডিসেম্বর 2012২০১২}}</ref>
[[লা লিগা|লীগে]] মেসির অভিষেক হয় ২০০৪ সালের ১৬ অক্টোবর এস্প্যানিয়লেরএস্প্যানিওলের বিপক্ষে। সেসময় তাঁর বয়স হয়েছিল ১৭ বছর এবং ১১৪ দিন। ২০০৫ সালের ১ মেম, মেসি ব্যালোম্পাই-এর বিপক্ষে সিনিয়র দলের হয়ে প্রথম গোল করে [[ফুটবল ক্লাব বার্সেলোনা|বার্সেলোনার]] সর্বকনিষ্ঠ ফুটবলার হিসেবে গোল করার কৃতিত্ব অর্জন করেন।<ref>{{cite web|url=http://www.fcbarcelona.com/web/english/noticies/futbol/temporada07-08/10/n071016101878.html|title=Meteoric rise in three years|accessdate=29২৯ December 2012ডিসেম্বর ২০১২| publisher=fcbarcelona.comFC Barcelona}}</ref> অবশ্য তাঁরতার এই রেকর্ড ২০০৭ সালে বোজান কিরকিচ ভেঙ্গে ফেলেন। বোজান ঐ গোলটি মেসির পাস থেকেই করেছিলেন।<ref>{{cite web|url=http://www.fcbarcelona.cat/web/english/noticies/futbol/temporada07-08/10/n071020101276.html|title=Krkic enters the record books|accessdate=16২৯ July 2009নভেম্বর ২০১২|date=২১ 21 October 2007অক্টোবর ২০০৭| publisher=fcbarcelona.catFC Barcelona|last=Nogueras|first=Sergi}}</ref>
মেসি তাঁরতার প্রাক্তন কোচ [[ফ্রাংক রাইকার্ড]] সম্পর্কে বলেনঃবলেন: ‘‘আমি কখনও ভুলবনা যে তিনি আমার ক্যারিয়ার শুরু করিয়েছেন, মাত্র ১৬ বা ১৭ বছর বয়সে আমার প্রতি তাঁরতার আস্থা ছিল।’’<ref>{{cite web|url=http://www.soccerway.com/news/2009/December/10/messi-rijkaard-gave-us-more-freedom/|title=Messi: "Rijkaard gave us more freedom"|date=10১০ Decemberডিসেম্বর 2009২০০৯|accessdate=২৯ ডিসেম্বর ২০১২|publisher=soccerwaySoccerway.com}}</ref> এই মৌসুমে মেসি বার্সেলোনা বি দলের হয়েও খেলেন এবং ১৭ ম্যাচে ৬ গোল করেন।
